新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建 一、新基因发掘基于所选参考基因组序列,使用StringTie软件对Mapped Reads进行拼接,并与原有的基因组注释信息进行比较,寻找原来未被注释的转录区,发掘该物种的新转录本和新基因,从而补… 生信狗的修...发表于转录组...
而COG数据库中蛋白质序列条数为192987,其中有COG编号的有129326条,占67%。所以比对结果中,很多序列比对上了KOG数据库,但是没有protein编号;而在比对到COG数据库时会好很多。(这里可以说清楚blast比对的结果数和最终整合完毕之后跟cog注释上的不一样的原因) 所以,可以先将序列比对到COG数据库,得出分类数据;然后将没...
COG 是原核数据库，KOG是真核数据库，注释看物种走
在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。为实现这一点，需要构建和下载各种蛋白数据库，如Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String等。KEGG，...
KOG/COG注释 COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins),即同源蛋白簇。一般原核 生物用COG,真核生物用KOG。COG注释作用:1. 通过已知蛋白对未知序列进行功能注释;2. 通过查看指定的COG编号对应的protein数目,存在及缺失,从而能推导特定的代谢途径是否存在; 3. 每个COG编号是一类蛋白,将query序列和比对上的COG...
eggNOG(evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups，http://eggnog.embl.de/)数据库:是国际上普遍认可的同源聚类基因群的专业注释数据库，包括来自原始COG/KOG的功能分类，以及基于分类学的功能注释。目前该数据库（v4.0）包含170万个直系同源类群，覆盖了3686个物种，给定了107个不同的分类...
原核生物的一般称为COG数据库;真核生物的一般称为KOG数据库。由NCBI创建并维护的蛋白数据库,根据细菌、藻类和真核生物完整基因组的编码蛋白系统进化关系分类构建而成。通过比对可以将某个蛋白序列注释到某一个COG中,每一簇COG由直系同源序列构成,从而可以推测该序列的功能。COG数据库按照功能一共可以分为二十六类。
SwissProt数据库是检查过的、手工注释的蛋白数据库，我们将Unigene注释到SwissProt数据库，以得到更加高质量的注释结果。COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物，KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整基因组的真核生物的直系同源家族...
KOG:EuKaryotic Orthologous Groups(为什么不叫EOG?问号脸)。广义上COG分为真核和原核生物两类,原核的一般称为COG数据库,真核的一般称为KOG数据库。 COG COG:Clusters of Orthologous Groups of proteins,即同源蛋白簇,是NCBI的一个数据库。根据生物完整基因组的编码蛋白系统进化关系分类构建而成,每一簇COG由直系同源...
测了一个真菌的全序列,想对全蛋白做一个COG(clusters of orthologous groups) 或者 KOG的分类,查询了下,有说可以做批量运行的,但是NCBI上只看到单个运行的界面(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html),不知哪位了解的能够指点下!不胜感激~...