github上的图挺形象的,从左到右把细胞信息转化成基因矩阵然后进行分解提取。 步骤流程 R语言部分 1、导入 代码语言:javascript 复制 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(Seurat)library(ggplot2)library(qs)library(BiocParallel)register(MulticoreParam(workers=4,progressbar=TRUE))sc_data<-qread("...
关于Consensus Non-negative Matrix factorization (cNMF) ,之前分享过一篇,在10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之约束非负矩阵分解(cNMF),大家可以回顾一下,简单来说就是约束非负矩阵分解(CNMF)算法,该算法将标签信息作为附加的硬约束,使得具有相同类标签信息的数据在新的低维空间中仍然保持一致。 我们来看看cNMF在...
cNMF(Consensus Non-negative Matrix factorization )是一个用于从单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 数据推断基因表达程序的分析管道。它采用count矩阵(N 细胞 * G 基因) 作为输入,并生成一个 (K x G)基因表达程序 (GEPs)矩阵和一个(N x K) 在指定数据中每个细胞的每个程序的使用情况矩阵。 已经有非常多的高影...
关于Consensus Non-negative Matrix factorization (cNMF) ,之前分享过一篇,在10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之约束非负矩阵分解(cNMF),大家可以回顾一下,简单来说就是约束非负矩阵分解(CNMF)算法,该算法将标签信息作为附加的硬约束,使得具有相同类标签信息的数据在新的低维空间中仍然保持一致。 图片.png 我们来...
单细胞的学习 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" 赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 猪莎爱学习免疫学硕士一枚～生信热爱者但是小白一枚~目前成就为0~加油哦,一大波成... 总资产50共写了3.2W字获得493个赞共652个粉丝 关注 济宁市任城区...
hello,大家好,之前在文章10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之NMF(非负矩阵分解)中介绍了NMF在单细胞数据分析中的运用,简单总结一下就是NMF算法的基本思想是将原始非负矩阵分解为两个非负矩阵的乘积从而对原始高维矩阵进行降维表示。 我们在做WGCNA的时候,得到的模块未必与细胞类型或者样本关联度很高,但是我们又想得到...