OmicVerse 是一个集成的 Python 框架,旨在简化和增强bulk RNA 测序(Bulk RNA-seq)、单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)和Spatial的分析。它通过整合多种分析工具,为用户提供一致且用户友好的界面,使得在一个编程环境中即可进行全面的转录组分析。 当然我们主要关注单细胞和空间的部分 空间部分应该是更新了的。 当然,空间...
github上的图挺形象的,从左到右把细胞信息转化成基因矩阵然后进行分解提取。 步骤流程 R语言部分 1、导入 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(Seurat)library(ggplot2)library(qs)library(BiocParallel)register(MulticoreParam(workers=4,progressbar...
关于Consensus Non-negative Matrix factorization(cNMF) ,之前分享过一篇,在10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之约束非负矩阵分解(cNMF),大家可以回顾一下,简单来说就是约束非负矩阵分解(CNMF)算法,该算法将标签信息作为附加的硬约束,使得具有相同类标签信息的数据在新的低维空间中仍然保持一致。 我们来看看cNMF在单...
cNMF(Consensus Non-negative Matrix factorization )是一个用于从单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 数据推断基因表达程序的分析管道。它采用count矩阵(N 细胞 * G 基因) 作为输入,并生成一个 (K x G)基因表达程序 (GEPs)矩阵和一个(N x K) 在指定数据中每个细胞的每个程序的使用情况矩阵。 已经有非常多的高影...
单细胞天地: mp.weixin.qq.com/s/-sdY 笔者之前也写过一个帖子,有兴趣的朋友可以点击去看一看~ mp.weixin.qq.com/s/3zyS 接下来笔者会根据个人理解,将非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization,NMF)、一致性聚类(consensus clustering)、主成分分析(Principal Component Analysis,PCA) 做一个的类比解释。
关于Consensus Non-negative Matrix factorization (cNMF) ,之前分享过一篇,在10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之约束非负矩阵分解(cNMF),大家可以回顾一下,简单来说就是约束非负矩阵分解(CNMF)算法,该算法将标签信息作为附加的硬约束,使得具有相同类标签信息的数据在新的低维空间中仍然保持一致。
hello,大家好,之前在文章10X单细胞(10X空间转录组)数据分析之NMF(非负矩阵分解)中介绍了NMF在单细胞数据分析中的运用,简单总结一下就是NMF算法的基本思想是将原始非负矩阵分解为两个非负矩阵的乘积从而对原始高维矩阵进行降维表示。 我们在做WGCNA的时候,得到的模块未必与细胞类型或者样本关联度很高,但是我们又想得到...
cNMF(Consensus Non-negative Matrix factorization )是一个用于从单细胞 RNA-Seq (scRNA-Seq) 数据推断基因表达程序的分析管道。它采用count矩阵(N 细胞 * G 基因) 作为输入,并生成一个 (K x G)基因表达程序 (GEPs)矩阵和一个(N x K) 在指定数据中每个细胞的每个程序的使用情况矩阵。 已经有非常多的高影...