4SNP密度图 上一期并未绘制简单的SNP密度图,这里我们补一下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 CMplot(pig60K,type="l",#"p"(point),"l"(line),"h"(vertical lines)plot.type="d",#"d","c","m","q"or"b"bin.size=1e6,#the sizeofbinforSNP_density plot.chr.den.col=c...
创建染色体SNP密度图 在安装了CMplot包之后,就可以使用该包中的CMplot()函数创建染色体地图。下面是一个示例代码: library(CMplot) #导入CMplot包 mydata <- read.table("SNP-new-old.txt", header = TRUE, sep = "\t") CMplot(mydata, plot.type = "d", bin.size = 1e3, col = c("darkgreen", ...
创建染色体SNP密度图 在安装了CMplot包之后,就可以使用该包中的CMplot()函数创建染色体地图。下面是一个示例代码: library(CMplot) #导入CMplot包mydata <- read.table("SNP-new-old.txt", header = TRUE, sep = "\t")CMplot(mydata, plot.type = "d", bin.size = 1e3, col = c("darkgreen", "y...
绘制SNP密度图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE) 绘制环形曼哈顿图 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 CMplot(pig...
CMplot这个R包是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包, 今天分享给大家,下边具体来看看。 1.安装 install.packages("CMplot") 2.参数释义 Pmap 输入数据文件 col 设置颜色,可以是vector or matrix #当vector数量少于染色体数目时,循环利用;也可以对每一个性状的每一条染色体进行设置 bin.size 设置SNP密...
使用CMplot()函数绘制SNP密度图，通过plot.type参数调整图型，如'd'表示密度图。bin.size参数决定数据区间划分，如1,000个，根据数据集大小调整。col参数用于颜色定义，区分不同密度区域。示例代码是：CMplot(mydata, plot.type = "d", bin.size = 1e3, col = c("darkgreen", "yellow", "red...
常见的SNP密度图: CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,chr.den.col=c("#7CC767", "#088247", "black"),file="pdf",file.name="",dpi=300,main="illumilla_60K",file.output=TRUE,verbose=TRUE,width=9,height=6) 环状曼哈顿图: ...
曼哈顿图 CMplot 包的使用 001、安装加载包 install.packages("CMplot") library("CMplot") 002、查看测试数据 data(pig60K) head(pig60K) 003、使用示例数据绘制snp密度图 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,chr.den.col=c("#7CC767","#088247","black"),...
bin.size设置SNP密度图中的窗口大小 cex.axis设置坐标轴字体和标签字体的大小 plot.type设置不同的绘图类型,可以设定为 "d", "c", "m", "q"or"b" multracks设置是否需要绘制多个track r设置圈的半径大小 xlab设置x轴标签 ylab设置y轴标签 outward设置点的朝向是否向外 ...
如果绘图类型=“d”,将绘制SNP密度;如果绘图类型=“c”,只绘制曼哈顿圆图;如果绘图类型=“m”,只绘制曼哈顿地块;如果绘图类型=“q”,只绘制q-q图;如果绘图类型=“b”,将绘制曼哈顿圈、曼哈顿圈和Q-Q图;如果plot.type=c图(“m”、“q”),将绘制曼哈顿和Q-Q图。