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📊 Circular and Rectangular Manhattan Plot. Contribute to YinLiLin/CMplot development by creating an account on GitHub.
cmplot是R语言中一个常用的生物信息学工具包(Bioconductor包),用于绘制基因共表达网络(co-expression network)中的模块(module)的图形展示。cmplot提供了一种简便的方式来可视化基因模块在不同条件或组之间的表达模式,帮助研究人员理解基因调控网络中的模式和相关性。 https://github.com/YinLiLin/CMplot...
Github:https://github.com/xiaolei-lab/rMVP 这也是一个做全基因组可视化的R包,同课题组开发,CMplot被集成进来了,特点是并行和算法优化。 rMVP支持包括常见的单变量线性/混合线性模型(如 MLM、GLM)以及更先进的GWAS方法,,比如 FarmCPU、SUPER等。 高效的内存和计算管理,针对大规模数据集设计,rMVP 优化了内存使用...
我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图,后者颜色更漂亮。 这篇博客,介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman, 因为这个软件函数很方便。 「安装qqman软件」 #InstallthestablereleasefromCRAn install.packages("qqman") #直接从Github上安装 devtools::install_github("steph...
软件包:https://github.com/YinLiLin/CMplot 软件包母文章: rMVP: A Memory-efficient, Visualization-enhanced, and Parallel-accelerated Tool for Genome-wide Association Study 附:CMplot概述: 曼哈顿图是散点图的一种,广泛用于显示关联结果。然而,对于非专业用户来说,编写脚本和调整复杂情节的参数通常既费时又费...
我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图,后者颜色更漂亮。 这篇博客,介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman, 因为这个软件函数很方便。 「安装qqman软件」 #InstallthestablereleasefromCRAn install.packages("qqman") #直接从Github上安装 devtools::install_github("steph...
CMplot包链接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 安装并加载CMplot包 install.packages("CMplot") library(CMplot) #(optional)if you want to use the latest version: #source("https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r") ...
在运行R脚本的时候,出现报错,提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi... 在运行R脚本的时候,出现报错,提示CMplot这个包连接超时。
曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇。