001、安装加载包 install.packages("CMplot") library("CMplot") 002、查看测试数据 data(pig60K) head(pig60K) 003、使用示例数据绘制snp密度图 CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,chr.den.col=c("#7CC767","#088247","black"), file="pdf",file.name="xxxxx",dpi=300, main="illumil...
install.packages("CMplot") library(CMplot) # 设置工作路径 setwd("D:\\Rdemo\\CMplot") 2、数据集准备; # pig60K是CMplot包自带的数据集data(pig60K) # 查看数据 head(pig60K) data = pig60K 第一列是SNP的名称,第二列是SNP所在染色体名字,第三列是SNP的位置,后面几列为不同特征的P值。 CMplot...
1.安装并加载所需R包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ># CMplot在CRAN上可用,因此可以使用以下R代码安装它>install.packages("CMplot")# 安装包,如果已经安装,此行可忽略。>library(CMplot) CMplot中有两个示例数据集,用户可以通过以下R代码导出和查看详细信息: 代码语言:javascript 代码运行...
首先，你需要安装并加载CMplot包。接下来，准备数据集。数据集的第一列应包含SNP名称，第二列表示染色体名称，第三列为SNP位置，随后的列可以包含不同特征的P值。CMplot功能强大，不仅适用于全基因组关联研究结果，还能处理SNP效应、Fst和tajima’s等指标。在绘制时，具体参数包括：1. 绘制SNP密度图。2....
CMplot这个R包是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包, 今天分享给大家,下边具体来看看。 安装 install.packages("CMplot") 参数释义 Pmap输入数据文件col设置颜色,可以是vectorormatrix#当vector数量少于染色体数目时,循环利用;也可以对每一个性状的每一条染色体进行设置bin.size 设置SNP密度图中的窗口大小...
1. 安装CMplot包 > install.packages('CMplot')> library('CMplot')#首先读取数据 > data(pig60K) #CMplot包中自带数据，SNP位点信息表 > head(pig60K) #显示部分数据，第一列是SNP的名称，第二列是SNP所在染色体名字，第三列是SNP的位置，后面几列为不同特征的P值 2. 函数及主要参数如下：CMplot(...
在CMplot包里有两个例数据集合,可以通过一下R代码到处和查看详细信息: data(pig60K)#calculated p-valuesbyMLMhead(pig60K)data(cattle50K)#calculated SNP effectsbyrrbluphead(cattle50K) 1.jpg 前三列分别为SNPs的名称、染色体、位置,后几列为GWAS中traits的p-value,traits的数量是无限的。
1. 安装CMplot包 > install.packages("CMplot") > library("CMplot") #首先读取数据 > data(pig60K) #CMplot包中自带数据,SNP位点信息表 > head(pig60K) #显示部分数据,第一列是SNP的名称,第二列是SNP所在染色体名字,第三列是SNP的位置,后面几列为不同特征的P值 ...
安装并加载所需R包 # install.packages("CMplot")library(CMplot) 基本用法 CMplot(Pmap,col=c("#377EB8","#4DAF4A","#984EA3","#FF7F00"),bin.size=1e6,bin.max=NULL,pch=19,band=1,cir.band=0.5,H=1.5,ylim=NULL,cex.axis=1,plot.type="b",multracks=FALSE,cex=c(0.5,1,1),r=0.3,xl...
1. 安装CMplot包 > install.packages('CMplot') > library('CMplot') #首先读取数据 > data(pig60K) #CMplot包中自带数据,SNP位点信息表 > head(pig60K) #显示部分数据,第一列是SNP的名称,第二列是SNP所在染色体名字,第三列是SNP的位置,后面几列为不同特征的P值 ...