计算聚类一致性 (cluster-consensus,CLC) 和样品一致性 (item-consensus,IC): icl <- calcICL(results, title = "./ConsensusCluster",plot = "png", writeTable = TRUE) ## 返回了具有两个元素的list dim(icl[["clusterConsensus"]])#[1] 20 3 icl[["clusterConsensus"]] # k cluster clusterConsens...
Cluster consensusNonlinear systemsGeneral high-order systemsA cluster consensus algorithm for nonlinear multi-agent systems under directed graph topology is proposed in this paper. Cluster consensus is the convergence of states/outputs of agents in the same cluster to consistent values which are different...
执行ConsensusClusterPlus聚类 results = ConsensusClusterPlus(d, maxK=10, # 最大聚类数 reps=50, # 重复次数 pItem=0.8, # 样本抽样比例 pFeature=1, # 特征抽样比例 clusterAlg="hc", # 聚类算法
一致性聚类(consensus clustering),自组织映射(SOM clustering)等,文章Metagenes and molecular pattern discovery using matrix factorization介绍和比较了几种算法,文章总结NMF算法更优,但其他几种算法针对不同特征的数据也各有偏好,可以多了解一下算法再自行选择。
ConsensusClusterPlus就是核心函数了,包括了以下几个参数 1. pItem, 选择80%的样本进行重复抽样 2. pfeature, 选择80%的基因进行重复抽样 3. maxK, 最大的K值,形成一系列梯度 4. reps, 重复抽样的数目 5. clusterAlg, 层次聚类的算法 6. distanc, 距离矩阵的算法 ...
ConsensusClusterPlus包的原理基于共识聚类分析的思想。共识聚类分析是一种集成多次聚类结果的方法,旨在识别数据集中稳定的聚类模式。其基本原理如下: 1. 数据抽样 ConsensusClusterPlus包会对原始数据进行多次随机抽样。这样可以获得不同的数据子集,从而增加聚类结果的多样性和稳定性。 2. 聚类分析 针对每个数据子集,Consen...
consensusclusterplus分组consensusclusterplus分组 ConsensusClusterPlus(CCP)是一种基于R语言的聚类分析方法,它通过计算样本之间的相似性来对数据进行分组。CCP算法的主要优点是可以处理不同类型的数据,如连续型、离散型和混合型数据,同时还可以处理缺失值和异常值。此外,CCP算法还具有较好的鲁棒性和可扩展性,可以应用于...
在基因表达数据的无监督聚类分析中，有多种方法可供选择，如非负矩阵分解(NMF)、一致性聚类(ConsensusCluster)和自组织映射(SOM clustering)等。Metagenes and molecular pattern discovery using matrix factorization 文章中提到，尽管NMF通常被认为更优，但其他算法在特定数据特征下也有其独特优势，因此在...
calcICL(res,title="untitled_consensus_cluster",plot=NULL,writeTable=FALSE) 参数: 代码示例: ### 下载ConsensusClusterPlus包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ConsensusCluster...
The consensus problem of multi-agent systems with communication channel constraint is studied by providing special Laplacians of directed graphs in this paper. Communication delays as one kind of channel constraints in multi-agent systems have been discussed in the recent literature. Different from thos...