4.点击每个点提示框中的GSM号码,查找样本信息。 04Cistrome-GO 为了识别TF直接调控的基因,该网站还开发了一个名为Cistrome GO的网络服务器,该服务器允许用户输入ChIP-seq峰值,并通过加权基因周围峰值的贡献来输出基因得分,以指示TF的调控潜力。重要的是,Cistrome GO使用计算的全基因组评分进一步进行基因本体分析和途径...
KEGG富集结果 GO结果 总之,Cistrome DB可以找我们感兴趣的转录因子以及组蛋白修饰位点的靶向基因信息,还可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的...
所以,你有转录因子ChIP-seq数据,预测转录因子功能完全可以交给Cistrome-GO做。 总的来说,通过Cistrome DB ,可以直接关键词搜索,也可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,转录因子的colocation分析。Cistrome-GO还可以...
Cistrome DB提供两种靶基因选择的方式,一种是直接查看BETA分析的预测靶基因列表“get top putative targets”;另一种是直接在“Check a putative target”中搜索关注的靶基因,并进行可视化。 此外,cistrome还有两个其他功能,分别是CistromeDB Toolkit和Cistrome-GO。 1. CistromeDB Toolkit用于检索哪个因子调控了用户感兴...
所以,你有转录因子ChIP-seq数据,预测转录因子功能完全可以交给Cistrome-GO做。 总的来说,通过Cistrome DB ,可以直接关键词搜索,也可以通过toolKit进行可以检索哪个因子调控了我们感兴趣的基因、结合在该区域;输入peak结果,查看哪些转录因子的结果与你的输入结果有明显的overlap,转录因子的colocation分析。Cistrome-GO还可以...
此外,cistrome还有两个其他功能,分别是CistromeDB Toolkit和Cistrome-GO。 1. CistromeDB Toolkit用于检索哪个因子调控了用户感兴趣的基因,哪个因子结合在用户的基因组区域或者和用户的peak有显著重叠。 ①输入关注的基因BRCA1,查找因子的结果 纵坐标表示调控潜势(RP),横坐标表示不同的因子 ...
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
Cistrome-GO A webserver for functional enrichment analysis of transcription factor binding sites. Visit site » CistromeDB Toolkit A webserver to help you find what factors regulate your gene of interest, what factors bind in your interval or have a significant binding overlap with your peak set...
MB Meyer,PD Goetsch,JW Pike 摘要: Many of the transcriptional and growth regulating activities of 1±,25-dihydroxyvitamin D(3) [1,25-(OH)(2)D(3)] in the intestine and colon are recapitulated in the human colorectal cancer cell LS180. We therefore used this line together with chromatin ...
Schrago, R.V. dos Santos, B. Mueller-Roeber, M. Vincentz The role of bZIP transcription factors in green plant evolution: adaptive features emerging from four founder genes PLoS ONE, 3 (2008), p. e2944 CrossrefGoogle Scholar Domcke et al., 2015 S. Domcke, A.F. Bardet, P. Adrian...