该SNP是GTEx V8全血中HBZ表达的强eQTL(P值=6.7×10-80),并与英国生物库中的几种红细胞相关结果有关,包括红细胞的平均红细胞血红蛋白(P值=1.1×10−14)和网织红细胞分数(P值=3.2×10−9)。总之,这些发现表明rs2541645可能是...
为筛选CIS基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明:CIS基因5′调控区3个SNPs位点,分别为G-726A、C-669T、C-82G;生物信息学软件预测得到CIS基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新...
牛CIS基因启动子区SNP及生物信息学研究
cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。
cis-pQTL数据的过滤(筛选强相关的SNP、剔除连锁不平衡)上述数据处理成本比较高: 1、至少要5T以上的硬盘(普通电脑根本没有这么大的硬盘,需要购买移动机械大硬盘)2、对CPU、内存要求高(普通笔记本吃不消)3、需要服务器、Mac Studio、顶配台式机4、需要一定的编程能力 数据清洗好了以后就是数据分析和结果的可视化处理...
Cis-eQTL:又称local-eQTL,指距离调控的基因非常近eQTL,小于1Mb(更宽松的可用5Mb)。比如,该基因的promoter段的SNP。 Trans-eQTL:又称distal/ indirect-eQTL,距离调控的基因非常远的eQTL,大于5Mb以上,甚至不在同一条染色体上。比如,调节该基因的共转录因子的DNA段。
琻捷电子(SENASIC) 在展台上展示传感器技术,在汽车不同领域的诸多应用:全球唯一单芯片集成的BLE TPMS芯片——SNP746、胎压监测芯片——SNP739D、车载超声波探头单芯片——SNS409、电池包压力传感芯片——SNP830、国内首颗电阻式双通道传感接口芯片——SNU511、车规级电容式传感接口芯片——SNU301。 2024-05-21 ...
输出结果的内容示意如下 第一列为基因ID, 第二列为snp ID, 第三列为基因和SNP之间的距离, 软件默认分析距离1M以内的SNP-Gene对, 第四列为pvalue值。更多用法请参考官方的说明文档。
We applied LRT (both aLRT and eLRT) to the Geuvadis data26to perform cis-SNPs set detection. The gene whose expression level is related to at least one cis-SNP is referred to as eGene81. Detecting eGene is one of the most important tasks in eQTL studies. Briefly, our aim is to ex...
① UCSC Trackplot:每一个潜在的lncRNA-mRNA调控对,都提供一个UCSC Track链接,用以观察该基因座上的基因组特征图,用以辅助判断是否存在cis调控。其中有价值的信息如相对位置关系、mRNA对应的基因模型、表观遗传修饰信号如何、有哪些转录因子结合位点、已知功能SNP位点等。(功能实在太多,就不一一列举了) ...