circRNA_finder是一款环状RNA预测软件,在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测,该软件的源代码托管在github上,网址如下 https://github.com/orzechoj/circRNA_finder 软件的安装比较简便,直接下载解压就可以了,需要注意的是,该软件依赖以下几个软件 perl awk STAR samtools 其中samtools的版本必须是低于1.0的版...
使用circRNA_finder识别环状RNA 欢迎关注”生信修炼手册”! circRNA_finder是一款环状RNA预测软件,在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测,该软件的源代码托管在github上,网址如下 https://github.com/orzechoj/circRNA_finder 软件的安装比较简便,直接下载解压就可以了,需要注意的是,该软件依赖...
使用circRNA_finder 识别环状 RNA circRNA_finder 是一款环状 RNA 预测软件,在对果蝇的研究中采 用该软件进行了环状 RNA 的预测,该软件的源代码托管在 github 上, 网址如下 https://github.com/orzechoj/circRNA_finder 软件的安装比较简便,直接下载解压就可以了,需要注意的是, 该软件依赖以下几个软件 1. perl ...
该脚本本质上是对STAR的封装,直接用STAR就好了,参数设置可以参考脚本中的设置。 2. 运行circRNA_finder 第二步就是预测环状RNA,代码如下 perl \ postProcessStarAlignment.pl\--starDirstar_out_dir \--minLen100--outDiroutput_dir AI代码助手复制代码 运行完成之后,会三个文件,对应的后缀如下所示 _filteredJunc...
//github.com/bioxfu/circRNAFinderAfter downloading the circRNAFinder package, you can add the src directory to the $PATH variable. For example, simply add the following two lines to the end of the ~/.bash_profile file: PATH=$PATH:/home/xfu/circRNAFinder/src export PATH Input Reads ...