然后使用φ29 DNA聚合酶通过滚动循环扩增纯化后的eccDNAs,扩增产物最终通过高通量测序定位到参照基因组(UCSChg19)进行分析。circle-map软件分析结果显示,所有样本中共鉴定出194955个eccDNAs,说明在HGSOC组织中有丰富的eccDNA表达。 图1 Circle-seq示意图 2、在HGSOC样本中检测到的eccDNAs的特征 然后,作者对HGSOC原发...
目前,市面上有一些鉴定软件,例如:Circle-Map[4]、ECCsplorer[5]、Circle_finder等,而我们今天要说的主角就是Circle-Map,该软件由python3编写,安装和使用都很方便,并且生成的结果也很简洁明了。 软件安装 可以直接使用pip命令直接安装,完成后即可在命令行使用Circle-Map命令,该软件包含以下五个子命令ReadExt...
(一)bw: 1.拖拽到IGV 2.选择bw文件右键,选择autoscale (二)bed 拖拽bed文件到IGV中,右键bed,选择expanded,拓展后,可看见多个环的信息 peak:指的是eccDNA环的位置 如果是有交集的peak,输出的eccDNA的位置是输入的第一个样本的位置。就是说交集得到的结果取决于公司拖拽样本的顺序orz...
五,复流程图(multi-flow map)使用场景 对比、 因果关系 复流程图往往适用于复杂的流程或者有多个分支事件出现的情况,也叫因果关系图。 可以帮助孩子分析一个事物产生的原因,和导致的结果。 中心方框代表一个重要的事件,左边是事件产生的多个原因,右边是事件导致的结果。
从原始数据FastQC检测结果可以看出,测序数据质量很好。 二、 Circlular DNA鉴定 采用Circle-Map软件进行Circular DNA的鉴定,总结鉴定到28317个Circular DNAs,汇总如下: 表1 SK-BE2相关注释 表2 circular DNA分析结果详解 注: (1) Chr 染色体号; (2) Start circular DNA的起始位置; ...
1) circle map 圆映象 1. The characteristics of multiple devil s staircase structure in a sort of discontinuouscircle maps; 一类不连续圆映象中多重魔梯的结构特征 2) Combined circle map 复合圆映象 3) mapping[英]['mæpiŋ] [美]['mæpɪŋ] ...
获取圆的几何对象类型。 Returns: String - hmap所支持的几何类型枚举值,参见module:geom~GeometryTypeintersectsExtent(extent)→ {Boolean} 检测几何对象与地理范围是否相交。 Parameters: NameTypeDescription extent module:basetype~Extent 地理范围 Returns: Boolean - 为true时表示相交,为false时表示不相交...
我们在准备数据的时候就按照这个来准备,绘制不同图形用不同数据,比如绘制线图点图有chr start value就好,如果绘制heatmap或者genomicRect这样的范围图则chr start end value都需要。 1.绘图 1.1 function(x,y)类型的绘图 function(x,y)类型的绘图包括折线图,点图等 ...
添加到地图上:使用Leaflet的map.addLayer()方法将CircleMarker添加到地图上。例如: 代码语言:txt 复制 map.addLayer(circleMarker); CircleMarker的自定义形状可以应用于各种场景,例如标记特定地点、突出显示重要区域或展示特定数据。它在地图可视化和交互中非常有用。 腾讯云提供了一系列与地图相关的产品和服务,可以与C...
Map的circle参数有bug? Android和iOS的测试结果不一样。 iOS的似乎单位就是「米」,Android的设置为50,显示的半径大概是150米。 因为我要用圆包住所有marker,距离值和坐标都是服务器返回的,都是一致的,不区分机型。 实测安卓上如果 /3,那就差不多是预计值。