本次测评CircRNA-seq上游分析的两大最新工具CIRCexplorer3及CIRIquant。CIRCexplorer3是2019年发表在Genomics Proteomics Bioinformatics(2020 IF=7.69)上,目前引用量是22次;CIRIquant2020年发表在nature communications上,目前引用量是54次。 不考虑算法的前提下比较这两款软件:两款软件运行均比较慢,40个线程下双端测序的...
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因此,作者进行了RIP实验,发现circKDM1A结合了AGO2蛋白,这表明circKDM1A具有作为海绵的潜力(图5C)。然后,作者使用Circinteractome(https://circinteractome.nia.nih.gov/)预测circKDM1A可能结合的miRNA。根据context+score,作者发现可能与circKDM1A结合的前3个miRNA是miR-147b-3p、miR-625-5p和miR-526b-5p(图5D)。
To define the epigenetic profile of PCs using comparative ATAC-seq and to identify novel enhancers involved in SAN gene regulation, development and function. 利用比较ATAC-seq确定PCs的表观遗传图谱,并确定参与SAN基因调控、发育...
本研究参照芽殖酵母Circle-Seq eccDNA的方法,对人体组织eccDNA研究方法进行了优化。在对样品中的染色体外DNA进行富集之后,继而去除了线性DNA以及线粒体DNA,对得到的eccDNA进行循环扩增,Circ-Seq以及测序数据的分析。 得出的主要结论:EccDNA在健康的人体组织和血液中很常见,其大小足以携带一个或几个完整的基因。我们发现...
find_circ https://github.com/marvin-jens/find_circgithub.com/marvin-jens/find_circ # 第一步:构建 bowtie2 索引 bowtie2-build hg38.fa hg38 # 第二步:用 bowtie2 比对 bowtie2 -p16 --very-sensitive --score-min=C,-15,0 --mm \ ...
然而,金秋十月是收获的季节,circRNA 翻译研究又多了一把利刃 CircCode —— 还是基于机器学习的,由陕西师范大学的 Peisen Sun 与 Guanglin Li 共同开发。虽然之前也有 circRNA 翻译相关工具,比如 CircPro 或 circtools,但都是 mRNA 的“老黄历”。 实际上,这款工具的研究思路很简明,作者也为我们提供了一个非常...
差异分析 惧色:circRNA 分析流程|find_circ + DESeq2 跟这篇文章中的差异分析做法一致,用 aggregate 函数把每个定量文件整理一下,然后用 Reduce 函数配合 merge 函数把所有的定量文件合并成一个文件,就成了符合 DESeq2 所需要的 Input 文件格式。
Usage: circfull RG -f fastq -g genome -a anno [-u] [-t threads] [-r] [-o output] Options: -h --help Show help message. -v --version Show version. -f fastq circFL-seq fastq file. -g genome Fasta file of genome. -a anno Tabix indexed gtf file of gene annotation. -u Tur...
372 RNA-seq of circular RNAs identified circPTPN22 as a potential new activity indicator in systemic lupus erythematosusdoi:10.1016/j.jid.2019.03.448Q. MiaoJ. TangJournal of Investigative DermatologyMiao, Q.,Zhong,etc.RNA-seq of circular RNAs identified circPTPN22 as a potential new activity ...