基因编辑-敲除-sgRNA靶点设计-编码基因 编码基因的敲除是利用Cas9-sgRNA对DNA进行切割产生双链断裂,随后细胞通过非同源末端连接方式修复DNA,在此过程中,将随机引入碱基的缺失或增加,若随机插入或者碱基缺失为非3倍数,则编码… 和元二姐 游离DNA(cfDNA)-新型标志物 一位小白 RNA 13. SCI 文章中加权基因共表达网络分...
CHOPCHOP是用于设计基因敲除用sgRNA,还可以用来设计基于CRISPR的基因激活、沉默等,同时也是针对多种物种的。 首先在官网界面,输入基因名字或Fasta序列,选择相应的物种,然后点击运行即可搜寻候选的sgRNA 以5593为例:输入基因名字、选择芝麻物种 结果界面: 选择排名第一的:TTGTGACGGAATGAGACGGGCGG 根据文件设计引物: F:AT...
CHOPCHOP网页版是一款用于设计细菌的sgRNA的工具。在使用CHOPCHOP设计sgRNA时，首先需要确定目标位点。目标位点可以是基因名称，也可以是基因序列。在确定了目标位点之后，用户可以点击“Find Target Sites”按钮，CHOPCHOP将自动搜索该位点的潜在切割位点。搜索结果会显示在网页上，用户可以根据Efficiency分数的高...
需要。虽然chopchop可以帮助用户搜寻候选的sgRNA，并显示在全基因组范围内潜在的脱靶位点，但是为了确保sgRNA的有效性和安全性，仍需要进行结构检测，结构检测可以确保sgRNA的稳定性和活性，同时避免潜在的脱靶效应。
2、设计sgRNA质粒 【图4】大肠杆菌pta基因 以敲除大肠杆菌MG1655菌株的pta基因为例,图4是pta基因在MG1655基因组上的图谱。首先是选择合适的靶标序列,这需要用到一个网站工具:http://chopchop.cbu.uib.no/#,网站界面如图5所示。 【图5】CHOPCHOP界面1 ...
我们开发了一个在线工具CHOPCHOP(https://chopchop.rc.fas.harvard.edu),以加快设计过程。 CHOPCHOP接受各种输入(gene identifiers, genomic regions or pasted sequences),并提供一系列用于目标选择的高级选项。它使用高效的序列比对算法来最大程度地减少搜索时间,并严格预测单向导RNA(sgRNA)和TALEN的脱靶结合。每个...
CHOPCHOP(21)提供了一个直观的在线目标选择环境,根据最新的大规模研究,可以优化效率和特异性(efficiency and specificity),并通过友好的图形界面来进行引物设计和限制性酶切位点识别(图1) 。 CHOPCHOP的这一新更新提供了sgRNA设计新选项,以及对sgRNA目标进行评分和排名的其他指标,从而提供了更大的灵活性。
除了Web界面之外,我们还提供CHOPCHOP命令行版本的代码,该代码可以在本地运行,适用于较大的查询或显示。除了用于大型实验的其他功能外,该工具还包括网络界面的所有功能,例如设计与基因组中任何序列都不匹配的对照sgRNA的能力。 CHOPCHOP的命令行版本与ampliCan兼容,后者是用于基于序列的突变评估工具(32)。