为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)的组蛋白甲基化图谱。分析结果表明,在高温处理的棉花花药中,H3K4me3和H3K27me3修饰,特别是H...
组蛋白发生修饰后会使染色质的构象等发生变化,从而影响了DNA与组蛋白之间的相互作用,进而调控基因的转录表达。 图2 组蛋白修饰(Huang et al., 2014)。 由于组蛋白修饰的类型众多,因此在描述组蛋白修饰时一般按照“组蛋白名称 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型”的规则进行描述,例如:H3K4me1和H3K27ac,其...
组蛋白ChIP-seq研究有2种思路:组蛋白修饰功能未知,根据ChIP-seq识别的序列信息,来推测这种修饰的功能;组蛋白修饰功能已知,利用ChIP-seq识别这种组蛋白修饰标记的特定基因和区域,进一步研究这些基因或区域的功能。另外,组蛋白修饰并不是单独发挥作用影响基因的表达,所以大部分组蛋白ChIP-seq会联合多种组学技术,从多个方向...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...
染色质免疫沉淀反应后测序(ChIP-seq)是表观基因组研究的核心方法,它可以检测整个基因组中的蛋白质/DNA结合和组蛋白修饰位点。组蛋白修饰的全基因组分析,如增强子分析和全基因组染色质状态注释,可以系统地分析表观基因组景观如何有助于细胞身份,发育,谱系规范和疾病。测序技术和...
图2 组蛋白修饰(Huang et al., 2014)。 由于组蛋白修饰的类型众多,因此在描述组蛋白修饰时一般按照“组蛋白名称 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型”的规则进行描述,例如:H3K4me1和H3K27ac,其具体的含义在前面的文章中已经介绍过了,这里就不再解释了。
ChIP技术是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相互作用的一种标准方法[1],该技术由Orlando等[2]于...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
组蛋白修饰(Histone modification)是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。组蛋白则可以有很多修饰形式。一个核小体由两个H2A,两个H2B,两个H3,两个H4组成的八聚体和147bp缠绕在外面的DNA组成。组成核小体的组蛋白的核心部分状态大致是均一的,游离在...