目前对增强子的鉴定,主要采用染色质免疫共沉淀技术(ChIP-seq),针对活性增强子相关联的因子或组蛋白修饰进行检测,如转录因子、转录辅激活因子(如Mediator、p300)、组蛋白修饰H3K27ac 和H3K4me1等。在分析方法上,首先对所得增强子进行连接,在基因组范围内,如单个增强子间距离在12.5 kb 范围内,则合并为一个增强子,即...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因...
(4)H3K27ac是活性增强子的标志,可以通过H3K27ac CHIP-seq鉴定TE和SE。 CHIP-seq实验成功的关键问题 (1)抗体质量 ChIP-seq是基于抗体的免疫沉淀实验,因此它的数据质量好坏直接取决于抗体的质量和特异性。 另外,针对同一蛋白的不同抗体,可能会...
4、鉴定新的增强子（例如：H3K27ac和H3K9ac）；5、鉴定新的启动子（H3K4me3）；6、核小体定位分析；7、基因组调控图谱分析（例如：H3K27ac和H3K4me3）。实验周期 3个月 样品收样标准 客户下单及项目信息填写 在我司官网http://plant.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...
转录因子的一个显著特征是它们具有 DNA 结合域,这使它们能够与称为增强子或启动子序列的特异性位点 (motif) 结合。一些转录因子与转录起始位点附近的 DNA 启动子序列结合,并有助于形成转录起始复合物。其他转录因子与调节序列(如增强子序列)结合,可以刺激或抑制相关基因的转录。
图注:A、使用ChIP-Seq鉴定的远端H3K4me1组蛋白标记鉴定了鼠ES细胞中的细胞类型特异性增强子:基于H3K4me1富集和非H3K4me3富集的的热图选出25,036个推定增强子。B、缺乏H3K27ac富集的增强子近端基因与平均增强子近端基因相比表现出较低的表达水平,表明H3K27ac是区分活性和平衡增强子状态的良好标志。C、选择富含H3K27...
鉴定增强子的方法多种多样,在chip_seq领域,常用的有以下几种方式 对多个转录因子的peak区域进行聚类,识别增强子区域 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark 使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A作为抗体进行chip_seq,识别增强子 使用组蛋白乙酰化转移酶P300作为抗体进行chip_seq,识别增强子 ...