目前对增强子的鉴定,主要采用染色质免疫共沉淀技术(ChIP-seq),针对活性增强子相关联的因子或组蛋白修饰进行检测,如转录因子、转录辅激活因子(如Mediator、p300)、组蛋白修饰H3K27ac 和H3K4me1等。在分析方法上,首先对所得增强子进行连接,在基因组范围内,如单个增强子间距离在12.5 kb 范围内,则合并为一个增强子,即...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因...
超级增强子的鉴定是依据增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异,这些分子包括辅因子 (如Mediator、cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac、H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 和BET家族蛋白(BRD4)等。当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免...
■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的...
图注:A、使用ChIP-Seq鉴定的远端H3K4me1组蛋白标记鉴定了鼠ES细胞中的细胞类型特异性增强子:基于H3K4me1富集和非H3K4me3富集的的热图选出25,036个推定增强子。B、缺乏H3K27ac富集的增强子近端基因与平均增强子近端基因相比表现出较低的表达水平,表明H3K27ac是区分活性和平衡增强子状态的良好标志。C、选择富含H3K27...
目前,可通过三步法来识别SE:(1)根据细胞类型特异性主转录因子的ChIP-seq或CUT&Tag数据鉴定增强子;(2)12.5kb以内的组成增强子拼接在一起形成单个大序列;(3)BRD4、C/EBPα、MED1、H3K27ac或缝合增强子的其他转录因子的总背景归一化ChIP-seq信号和对剩余的各个增强子进行排序以生成一条曲线,该曲线的斜率为1,作为...
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...
ChIP-seq在样本数量方面需要更少的量。 ChIP-seq产生更精确的蛋白质结合位点列表和转录因子、增强子和序列基序的鉴定。也可分析染色质和组蛋白变体的核小体定位和翻译后修饰。 劣势: ChIP-seq成本较高,ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元,而ChIP-seq的成本为每通道1000-2000美元。
Histone ChIP-seq适用场景：1、确定全基因组区域内组蛋白修饰位点情况；2、检测同一种组蛋白修饰在不同实验处理或不同发育时期的修饰差异，再结合转录组数据，考察该种组蛋白修饰对基因表达的调控作用；3、比较不同种类组蛋白修饰在基因组上分布的差异；4、鉴定新的增强子（例如：H3K27ac和H3K9ac）；5、鉴定新的...