为了得到准确的表达水平,需要使用chip-qpcr计算公式进行修正。该公式的基本原理是通过内部参照基因和标准曲线来校正荧光信号的强度,从而得到准确的相对表达水平。 选择一个稳定表达且与目标基因无关的内部参照基因作为参照。这个内部参照基因应该在样本中的表达量相对稳定,不受外界因素影响。常用的内部参照基因有GAPDH、β-...
在完成IP实验以及引物设计合成后,就可以进行qPCR实验啦。对每个样本(单个样本通常需要做3个技术重复)的Input、IP、IgG-DNA进行qPCR实验,统计每个复孔的CT值,随后利用2-△△CT法进行富集倍率的计算。 计算公式如下: ΔCt [normalized ChIP] = (Ct [ChIP] - (Ct [Input] -Log2 (Input Dilution Factor)) Inpu...
2. 计算百分比 % Input = 2 ^(-ΔCt [normalized ChIP]) 对于后面的问题,还要有一些计算, 3. 要加入阴性对照的Ct值 ΔΔCt [ChIP/NIS] = ΔCt [normalized ChIP] - ΔCt [阴性] 4. 计算Assay Site IP Fold Enrichment Fold Enrichment = 2^ (-ΔΔCt [ChIP/NIS]) 5. S1和S2的比值计算 ΔΔ...
双△CT法也称为2-△△CT法,将PCR的数据转换成CT值(即qPCR反应荧光信号首次到达设定的荧光阈值时所经历的循环数),计算时利用Input做对照(片段化之后直接解交联纯化的DNA,作为材料本身背景)均一化IP产物(△CT),针对阴性抗体富集产物IgG,同样利用Input均一化产物(△CT)。最后计算IP与IgG均一化之后扩增循环数差异(...
这段代码首先创建了一个包含CT值和IDF的数据框,然后计算了ΔCt、ΔΔCt、Percent Input和Fold Enrichment值,并使用ggplot2包进行了可视化。
百分比输入法是通过将ChIP信号与输入样本中的信号进行比较来标准化数据。通常，取1%的起始染色质作为输入样本，从ChIP样本中获得的信号除以输入样本的信号，得到标准化的百分比值。使用这种方法时，需注意计算输入百分比的细节，特别是当输入样本经过稀释时，需要计算稀释因子。富集倍数法将ChIP信号与无抗体对照...
有两种ChIP完定量的计算方法: 1)双△CT法; 2)双标准曲线法。 双△CT法的特点 1. 双△CT法的一大特点是,当优化的体系已经建立后,在每次实验中无需再对看家基因和目的基因做标准曲线,而只需对待测样品分别进行PCR扩增即可。 2....
双△CT法的核心是利用Input作为对照，通过计算IP（富集产物）与IgG（阴性对照）的CT值差异，确定富集倍数。实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或...
最后计算IP与IgG均一化之后扩增循环数差异(△△CT),并通过2-△△CT计算富集倍数。 实验流程 一、ChIP富集实验 ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input...
1. 我的理解是，因为量的差异倍数是2^△Ct。本来计算△Ct应直接为Ct（ChIP）-Ct（Input），其实上...