为了得到准确的表达水平,需要使用chip-qpcr计算公式进行修正。该公式的基本原理是通过内部参照基因和标准曲线来校正荧光信号的强度,从而得到准确的相对表达水平。 选择一个稳定表达且与目标基因无关的内部参照基因作为参照。这个内部参照基因应该在样本中的表达量相对稳定,不受外界因素影响。常用的内部参照基因有GAPDH、β-...
其他引物依次这样做就行。 二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需...
IP、IgG-DNA进行qPCR实验，统计每个复孔的CT值，随后利用2-△△CT法进行富集倍率的计算。
在这个公式中,会涉及到2种常用的标准化ChIP-qPCR数据方法——Percent Input(% Input)法和富集倍率(Fold Enrichment)法。而两种方法的计算都会涉及到一个IDF值,也就是Input稀释因子信息。由于IP以及IgG在qPCR之前需要先经过抗体的富集,而受抗体富集效率、转录因子结合特定等影响,富集产物浓度一般相比Input会较低,为了...
ChIP完定量的计算方法:1)双△CT法;2)双标准曲线法。 Comparative Delta-delta Ct法的特点、注意事项及实际应用: 1. Comparative Delta-delta Ct法的一大特点是,当优化的体系已经建立后,在每次实验中无需再对看家基因和目的基因做标准曲线,而只需对待测样品分别进行PCR扩增即可。2. 每次实验都默认目的基因和看家...
百分比输入法是通过将ChIP信号与输入样本中的信号进行比较来标准化数据。通常，取1%的起始染色质作为输入样本，从ChIP样本中获得的信号除以输入样本的信号，得到标准化的百分比值。使用这种方法时，需注意计算输入百分比的细节，特别是当输入样本经过稀释时，需要计算稀释因子。富集倍数法将ChIP信号与无抗体对照...
双△CT法的核心是利用Input作为对照，通过计算IP（富集产物）与IgG（阴性对照）的CT值差异，确定富集倍数。实验流程包括：首先，进行ChIP富集实验，包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化；然后，设计引物，保证产物长度适中，如150bp，引物应具有高特异性；引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或...
1. 我的理解是，因为量的差异倍数是2^△Ct。本来计算△Ct应直接为Ct（ChIP）-Ct（Input），其实上...
去除MAPQ<30的reads。MAPQ表示该read的比对质量，其计算方法为：Q = -10 log10p，其中p为该read比对...
ChIP完定量的计算方法: 1)双△CT法; 2)双标准曲线法。 Comparative Delta-delta Ct法的特点、注意事项及实际应用: 1. Comparative Delta-delta Ct法的一大特点是,当优化的体系已经建立后,在每次实验中无需再对看家基因和目的基因做标准曲线,而只需对待测样品分别进行PCR扩增即可。