对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预测的motif对应的peak两端序列进行引物设计(1),或者利用可视化的软件(如IGV)对peak最明确的位置对应的序列进行引物设计(2)。若前期未进行seq实验,也可利用一些ChIP数据库(如Cistrome DB)查看其他学者是否有进行对应蛋白的ChIP实验,利用别人的结果进行验证(3)。此外,若研究的...
将染色质打断成200-500bp的小片段，在后续实验中，结合了目的蛋白的片段将被抗体识别而保留，没有结合...
简言之,这种方法的思想就是:把每次免疫沉淀获得的靶信号表述为占总Input样品染色质(总Input样品染色质的意思就是这次实验每个样本超声或酶切后得到的总染色质)的百分比。 具体计算方法如下: 从ChIP获得的anti-target组和IgG组信号除以总Input样品染色质。通常1%的起始染色质用作Input,即实验中Input管取的是原始样本...
研究疾病相关基因的调控:ChIP-qPCR可以用于研究疾病相关基因的调控机制,例如确定转录因子与致病突变基因的结合情况,了解其对基因表达的影响。 三、ChIP-qPCR、ChIP-seq和ChIP-chip技术对比: 北京科沿有道生物科技有限公司,专注于生命科学最前沿科研技术服务,具有较好的生物学和医学...
为您的实验查找适合的抗体 2 优化染色质剪切 3 评估您的 ChIP 实验能否成功 五个步骤获得理想 ChIP 结果 Step1:交联和裂解——稳定复合物并分离核组分 第一步对时间要求严格并且需要优化。体内共价交联稳定蛋白质-DNA相互作用并于特定时间点进行分析。通常采用甲...
在进行ChIP-qPCR结果分析时,需要关注引物设计、实验过程以及数据分析等多个环节。以下是一个详细的分析指南: 一、引物设计验证 设计依据: 如果有参考文献提供的引物序列,优先使用这些已验证的引物。 如果没有可用的文献信息,可以利用已发表的ChIP-Seq数据来设计引物。选择通过质控指标的数据,并在UCSC等平台中查找ChIP-...
实验流程 一、ChIP富集实验 ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; ...
🔍 图文解读ChIP实验,深入剖析WB条带与qPCR计算方法!📌 ChIP前WB关键步骤: 1️⃣ 样品WB质控,确保实验起点清晰。 2️⃣ 检测诱饵蛋白与内参蛋白,评估样本质量。 3️⃣ 内参蛋白条带需清晰无拖带,否则样本可能降解。 4️⃣ 诱饵蛋白条带应强信号单带,信号弱可能实验失败。
在进行ChIP-qPCR实验时,对照实验的设计至关重要,它能帮助我们验证结果的准确性和特异性。以下是三种主要的对照类型,它们在实验中扮演着不可或缺的角色。 引物对照 🧬 引物对照是针对那些不被特定蛋白结合的区域设计的引物。通过比较这些区域与目标区域的PCR结果,我们可以评估实验的准确性和可靠性。引物对照的存在,确...
ChIP-qPCR是一种研究细胞内蛋白与DNA相互作用的检测技术。它结合了免疫共沉淀和qPCR方法，旨在揭示目的蛋白在特定细胞或组织中与DNA的结合情况。通过此技术，科学家可以验证蛋白与DNA的相互作用，并应用于研究特定细胞或组织中蛋白-DNA互作的验证，以及不同遗传背景或实验条件下互作的差异。ChIP-qPCR在研究...