一、ChIP富集实验 ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; 3、对部分染色质进行目标蛋白抗体的孵育与磁珠富集,解交联后纯化DN...
因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋白/DNA互作调控网络的常规前置技术。 ChIP-qPCR是一种检测细胞内蛋白/DNA互作的靶向验证技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和qPCR检测技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的蛋白/DNA互作关系进行探究,验证蛋白/DNA的相互作用关系。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作验证,...
ChIP-Seq互作组验证,即在互作组分析筛选的基础上,进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测,更加精细,也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验,方能事半功倍。广州基云生物,在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域,具有丰富的经验,助力互作机制研究。如有...
实验流程包括:首先,进行ChIP富集实验,包括甲醛交联、染色质提取、抗体富集和纯化;然后,设计引物,保证产物长度适中,如150bp,引物应具有高特异性;引物设计可参考seq结果、可视化软件、数据库或转录因子结合位点。在设计好引物后,进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行,使用2-△△CT法进行...
ChIP-qPCR结果展示模式可视化如下: Cell 2011 1,最上一栏,为基因组功能序列注释的排列。 2,下4栏为4种不同基因组DNA结合蛋白进行ChIP实验的结果展示。(横标为基因组位置,纵标为Inp,相较与背景DNA的“倍数”) 3,A-I柱图表示不同DNA区域。样本差异程度通过星号*来标识。
ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值:(1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,...
转录因子的chip-seq不一定需要qpcr验证,但如果对转录因子进行敲除或knockdown,又不愿意做chip-seq,可对靶基因进行chip-qpcr。做western如果是转录因子,作用位置应该在核内,但有一些TF是细胞质易位到细胞核,所以看你关心的是总量还是什么,是否存在特殊修饰等等,根据需求选择。
ChIP,chromatin immunoprecipitation, 染色质免疫共沉淀 一般来说,ChIP完成后可以通过测序(ChIP-Seq)、芯片(ChIP-on-chip)或者qPCR(ChIP-qPCR)进行检测,当你不知道靶基因是什么的时候可以用芯片和来筛选;如果你已经有备选的靶基因了,则可以通过基因中蛋白结合靶点的特异性引物来检测。
一、ChIP富集实验 ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; 3、对部分染色质进行目标蛋白抗体的孵育与磁珠富集,解交联后纯化DN...
一、ChIP富集实验 ChIP-qPCR的富集实验与ChIP-seq实验一致。 1、首先是利用1%的甲醛对样本进行交联,以固定蛋白-DNA的结合状态; 2、随后对染色质进行提取和片段化(超声打断或酶切),此时取出一部分染色质(一般是2%Input),对DNA进行纯化,即为Input; 3、对部分染色质进行目标蛋白抗体的孵育与磁珠富集,解交联后纯化DN...