,那么反过来,如果发现了一个转录因子,想要寻找与其结合的启动子是什么,该用什么方法呢?答案是ChIP-seq(染色质免疫共沉淀结合下一代测序技术),没错,小远今天将要给大家介绍的就是与染色质免疫共沉淀相关的内容,染色质免疫共沉淀实验除了可以研究转录因子与启动子的结合之外,还能做什么实验呢?想要一探究竟,就跟着小远...
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
proliferation and survival”的研究论文,该研究以原始生殖细胞(PGC)为研究对象,通过RNA-seq和ChIP-seq等实验表明NRF1通过调控支持PGC编程的广泛转录网络和线粒体代谢,参与调控迁移后PGC存活和增殖。本
2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从...
01 ChIP-seq鉴定茄子抗青枯病过程中SmTCP7a转录因子的结合位点 2022年6月20日,中国热带农业科学院南亚热带作物研究所团队在《Int J Mol Sci》杂志发表了题为"Genome-Wide Identification of Binding Sites for SmTCP7a Transcription Factors of Eggplant during Bacterial Wilt Resistance by ChIP-seq"的研究论文。该...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; ...
NRF1是一种已知的线粒体代谢调控因子,在PGC迁移后发育中起着关键作用。本研究结果表明,在胚胎发育过程中,NRF1蛋白水平在PGC迁移后逐渐升高。胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分...
本研究绘制了转录因子PhoB在大肠杆菌基因组中的结合,揭示了大多数PhoB结合位点都位于基因内。分析结果表明,基因内PhoB结合位点与重叠基因调控无关。数据揭示了细菌可以耐受大量非调控性基因内转录因子结合位点的存在,且这些结合位点不受选择性压力影响。 研究使用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)对...