ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法,用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平,检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案,在体外重组表达转录因子蛋白,与基因组DNA相互作用,对与重组蛋白结合的DNA测序,分析获得蛋白结合的基因位置,以及特异的DNA基序(mo...
DAP-seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。 DAP-seq是研究非模式植物顺反组和表观组的有力技术,大大扩展和加深了科学家们研究的转录因子结合位点信息。它能够捕获全部转录结合位点,因此能获得完整的密码本。 DAP...
cut tag相对于chip-seq来说成本高不少。喜报！易基因组蛋白ChIP-seq研究成果见刊《Cell Reports》2023...
DAP-seq是研究在体外状态下蛋白质-DNA互作的技术;ChIP-seq是研究在体内自然状态下蛋白质-DNA互作的技术。 DAP-seq 是用来揭示基因组范围内某个蛋白质(通常是转录因子)的结合位点,进而预测下游的靶基因,而且不需要抗体,也不限物种,尤其适用于植物领域的研究;ChIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点...
爱基百客拥有10年表观遗传学研究服务的经验,我们提供CUT&Tag、ATAC-seq、ChIP-seq、DAP-seq等表观遗传学测序服务。服务范围涵盖实验设计、样本处理、数据分析到验证的全流程,旨在为客户提供全面、专业的技术支持。目前,我们在微生物的表观经验已相当丰富,辅助客户多次发表Nature Commun、Plant Commun、Nucleic Acids Re...
DAP-seq分析 首先,作者进行了一次转录组检测,主要是为了从中筛选出柑橘在感染绿霉病之后,机体内做出显著响应的转录因子,最后确定了CsWRKY33为柑橘抗病机制中的关键转录因子。 然后,作者为了确定CsWRKY33在基因组上的DNA结合位点,进而去确定相对应的靶基因,使用了DAP-seq技术去鉴定与CsWRKY33相关的靶基因。也就是在...
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法，用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平，检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案，在体外重组表达转录因子蛋白，与基因组DNA相互作用，对与重组蛋白结合的DNA测序，分析获得蛋白结合的基因位置，以及...
它们分别是CoBATCH、CUT&Tag和ACT-seq[2,3,4]。当前实验室中常用的单细胞ChIP-seq方法,主要就是这三种。核心技术都有用到刀豆蛋白偶联的磁珠、protein A-Tn5融合蛋白。技术上,这三种方法都有所改进,但仍有一些局限性,比如门槛高、人力成本高以及操作繁琐。