(一)CHIP-seq实验过程 CHIP实验获得的DNA样品进行建库,上机测序。 本研究使用 Diagenode 公司 MicroPlex Library Preparation Kit v2 为例,进行ChIP-seq 建库,具体操作步骤如下: 1. 样本质检:在建库之前需要对样本进行质量控制检测。使用 Life 公司 Qbit 定量 试剂盒对 ChIP 得到的 DNA 样本进行定量。然后使用安捷...
高通量测序：准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库，质检及测序。图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍，那么介绍完这个实验之后，这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外，还可以...
验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 🔬 ChIP-seq的应用 研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能。 研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息。 得到核小体的定位图谱。 研究DNA的甲基化情况。 通过以上步骤,你可以轻松完成...
ChIP-Seq技术包括两部分:建库和测序,建库和测序的质量对于后续分析尤为关键,但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类,一类是X-ChIP,一类是N-ChIP。其中N-ChIP不涉及甲醛交联,更适合那些和DNA有强相互作用的蛋白ChIP-seq实验,主要就是组蛋白;而X-ChIP采用甲醛交联就没有这个限制,...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还可...
对于 ChIP-Seq ,通常留存足够的打断后的染色质,直接用于后续的 DNA 提取,作为对照,称为Input 。也可以使用同型抗体、免疫前血清、或同物种来源 抗体进行模拟的免疫沉淀,所得产物提取 DNA 作为对照,称为 Mock。通常,在建库之前,如果已知一些靶标序列,可以通过 qPCR 等验证 ChIP 的效果。文库构建之后,进行质检,...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
🌟 ChIP-seq是研究组蛋白修饰的“金标准”,也是探索转录因子和超级增强子的重要工具。 🏁 ChIP-seq由三个部分组成:Ch、IP和seq。 Ch代表Chromatin,即染色质,主要由蛋白质和DNA组成。具有DNA结合能力的蛋白质包括组蛋白、转录因子和辅因子。 IP代表Immunoprecipitation,即免疫共沉淀,通过抗原-抗体特异性识别,利用特...
以下是ChIP-seq的建库方法: 1.样本准备:首先,需要准备待检测的细胞样本,并将其进行处理,以使蛋白质与DNA分离。 2.染色质免疫沉淀:使用特定的抗体对目标蛋白质进行免疫沉淀,同时将DNA与蛋白质分离。 3.文库构建:将纯化的DNA片段进行末端修复、加尾和连接接头等操作,构建成可用于测序的文库。 4.测序:将构建好的...
chipseq建库失败常见原因：样品不纯、样品质量下降、实验操作不当、仪器故障、质控失败等。1、样品不纯：样品的杂质或稀释得过多将对建库的质量产生影响，需要优化样品的准备工作，如进行DNA/RNA的纯化和质量检测，以确保选择的样品合适。2、样品质量下降：样品储存温度、时间或处理方法不当可能导致质量下降...