1. 实验稳定 诺禾ChIP-seq可稳定获得全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,分析组蛋白修饰及表观遗传修饰的信息。 2. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行ChIP-seq分析,助力 客户在Cell、Nucleic Acids Research、Nature Communicatio...
4. Enrichment Analysis 和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号...
本节介绍在Bioconductor中对ChIPseq数据的分析。会话部分: 在R 中预处理 ChIPseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig part 1 Part_2 本节涵盖更深入的 ChIPseq QC 和 MACS2 calling peaks 。会话部分: R中 ChIPseq 数据的质量控制 peak calling概述 峰的注释 part 2 Part_3 本节介绍Bioconductor Session部分...
本课程介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。 课程材料和练习可在https://rockefelleruniversity.github.io/Intro_To_R_1Day/上以呈现的 HTML 形式查看。
和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— ...
ChIP-seq 产品介绍 ChIP-seq技术(染色质免疫共沉淀技术)能特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行高通量测序分析。ChIP-seq技术是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,能够高效地在全基因组范围内在单碱基水平上检测出与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段,是研究基因表达调控的有力工具之一。
2. peak分析结果 对于该转录因子相关的数据集,提供了peak结果的下载,基因组浏览器可视化等功能,示意如下 以细胞类型为中心的结果示意如下 除了查看各种转录因子的chip_seq分析结果外,官网还提供了一个注释工具,用于Enrichment分析。上传自己的peak文件,与数据库中已有的转录因子的peak区间进行比较,分析在上传的peak区域中...
对ChIP-seq的下游分析,蛋白的差异结合很重要,在它的分析中包括两点:结合区域(峰宽)和亲和能力(峰高)。所以单纯的用deseq2等差异表达工具很难实现ChIP-seq的差异结合分析,现在Bioconductor上已经推出了几个对差异结合分析的工具,其中就包括DiffBind。 安装: ...
单击数据行,可以直接在页面最下方浏览、下载或分析(方法见图.step5.1)样本信息。也可以在所有感兴趣的样本全部勾选完毕后,点击“UCSC Browser”选项跳转到UCSC基因组浏览器中,直观查看ChIP-seq结果,并对结果进行进一步处理(方法见图.step5.2)。 图片来源:Cistrome DB ...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收集了680个人和453个鼠转录因子的结合model,其中包含1302个单核苷酸和576个二核苷酸的位置权重矩阵。这种大规模的...