ChIP-Seq:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染...
ChIP-Seq测序与分析是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶...
一、chip-seq的原理:(1)ChIP-Seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的高通量测序技术;可视作染色体免疫共沉淀技术与二代测序技术的结合;ChIP可用于检测某种特异蛋白或某种特异蛋白…
ChIL-seq 避免了传统ChIP-seq 技术中由于抗体沉淀所带来的回收率低的缺陷,尤其适用于贴壁细胞。对于活跃的组蛋白标记如H3K4me3 ,H3K27ac,起始细胞用量甚至可降低至单细胞水平。[2] 原理:在96 孔板中加入细胞,经固定,染色后加入一抗与目标蛋白结合,随后加入ChIL 探针(由二抗和ChIL DNA组成),探针中的ChIL DNA经...
本期,易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。 一、染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)技术原理 蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启动基因转录的前提。ChIP技术是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相...
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
chip-seq是用来分析蛋白和DNA互作的方法。chip-seq结合染色质免疫共沉淀和高通量测序技术来找到DNA和蛋白的结合位点。它可用于精确定位任何感兴趣的蛋白质在全基因组上的结合位点。 chip-seq主要是用来研究转录因子和别的一些染色质相关蛋白对表型影响的分子机制 ...
ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。