进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
ChIP-seq数据分析图通常包括多种图形,如峰值图(peak profiles)、热图(heatmaps)、基因组浏览器视图(genome browser views)等。这些图形可以帮助研究人员直观地了解蛋白质在基因组上的结合模式及其生物学意义。 在ChIP-seq数据分析中,峰值图是最常见的图形之一。它通常显示了特定蛋白质在基因组中各个位置的结合强度。Y...
这样最终可以得到2个文件,distal.fa和proximal.fa,然后再MEME中进行分析 对proximal进行分析,找到了32个motif chipseq和rnaseq联合分析 shared_up_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,up_genes) shared_down_genes <- intersect(rep1_peakAnno@anno$geneId,down_genes) venn.diagram(x=list('chipseq...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
全基因组ChIP-seq分析揭示在Tho2缺失后,Nrd1对与衰老相关的翻译相关基因招募增加。本研究结果强调了Tho2介导的Nrd1通过衰老相关基因转录调控在寿命通路调控中的重要性。这项研究提供了对衰老分子机制的新见解,特别是关于RNA代谢和转录调控如何与衰老过程互作的理解,对Tho2-Nrd1轴的进一步研究可能有助于开发延缓衰老和...
将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落脚到基因的功能上来,那么在文章里你就会看到这样的图: 还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR...
将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落脚到基因的功能上来,那么在文章里你就会看到这样的图: 还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的...
技术平台:ChIP-seq、WGBS等 研究摘要: 对21个ESCC组织、5个非恶性食管鳞状(NESQ)组织、12个EAC/GEJ肿瘤组织和7个非恶性GEJ(NGEJ)组织在内的两种不同食管癌亚型及其相应的非恶性组织,共计45例食管样本的WGBS数据进行分析,并开发一种新的sequence-aware方法鉴定大范围的PMD,揭示肿瘤样本中PMD甲基化水平和基因组分...