师兄说傻子才做ChIP-seq 最近想做转录因子和组蛋白修饰,最经典的方法是ChIP-seq,但最近几年发现大家用CUT&RUN和CUT&Tag很多。对比了一下发现,新的方法不仅成本更低,而且还更快更简单呢。于是果断尝试了新方法...
提供高质量测序服务。仅2024年一季度，ChIP-seq产品已助力客户发文30篇，累计影响因子389！WGBS产品已助力...
相对湿度40–70%，吸入二氧化碳进行安乐死，提取样本对体细胞重编程，进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq...
因为建库的标准操作流程就是,300-500bp的DNA片段最好是加接头和index的,建库的实验员只负责建库的成功率,他们不管你是做ChIP还是重测序,可能也确实是不懂吧。这里我贴两张图吧,一个是二次打断的,一个是正常的ChIP,比较一下就知道了。(上面两张图是理想的chip特异片段分布情况图,chip样本和input明显分开了。下...
ChIP实验最初是为细胞开发的,所以细胞水平的ChIP实验体系较为成熟,可以自己配试剂,也可以买成熟的试剂盒,国产的进口的都有很多选择,效果都差不多。但是组织水平就不一样了,如果你选择的是用组织去做ChIP-seq,那么你要首先评估一下自己的组织是什么质地的: ...
。参考文献 Nakato R, Sakata T. Methods for ChIP-seq analysis: A practical workflow and advanced applications. Methods. 2021;187:44-53.Schmidt D, Wilson MD, Spyrou C, et al. ChIP-seq: using high-throughput sequencing to discover protein-DNA interactions. Methods. 2009;48(3):240-248.
本研究使用流式分选技术分选G0/G1、G1/S和M期的乳腺癌MCF-7细胞,采用ChIP-seq + DNase-seq + RNA-seq + GRO-seq的多组学技术,研究MCF-7细胞的整个细胞周期的转录组全景图谱。其中,SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kit用于制备ChIP-seq和DNase-seq的文库。
与标准的10,000,000细胞作为起始样本量相比,使用少量细胞进行ChIP-Seq要困难很多。 低细胞量ChIP-Seq往往会产生ChIP反应低信噪比,无效文库扩增和最终ChIP-Seq数据高重复率的问题。 为了克服这一障碍,Active Motif 研发团队利用多年ChIP产品研发的经验,经过不懈努力,成功推出针对少量样本的低细胞量ChIP-Seq试剂盒。
我自己大概的实验流程如下：0.甘氨酸，elution buffer现配现用 1.固体平板收菌，每个重复0.4g放入-80...
做ChIP-Seq要尽量降低背景信号,而封闭用的鲑鱼精DNA会对后续的测序带来干扰,因此不推荐使用琼脂糖beads进行ChIP-Seq实验,最好是使用表面光滑偶联Protein A/G的磁珠,实验表明这种磁珠比单独偶联Protein A或G的磁珠有着更低的实验背景,能显著提高信噪比。Merck Millipore 专门提供了两种规格的Protein A/G磁珠供不同实验...