在这个公式中,会涉及到2种常用的标准化ChIP-qPCR数据方法——Percent Input(% Input)法和富集倍率(Fold Enrichment)法。而两种方法的计算都会涉及到一个IDF值,也就是Input稀释因子信息。由于IP以及IgG在qPCR之前需要先经过抗体的富集,而受抗体富集效率、转录因子结合特定等影响,富集产物浓度一般相比Input会较低,为了...
S2: ΔΔCt [ChIP/NIS] = 7.402- 33.14 = - 25.738 4. 计算Assay Site IP Fold Enrichment Fold Enrichment = 2^ (-ΔΔCt [ChIP/NIS]) S1: Fold Enrichment = 2^(28.321) = 335328531 S2: Fold Enrichment = 2^(25.738) = 55964165 5. S1和S2的比值计算 ΔΔCt [S2-S1] = ΔCt [S2:norma...
计算CHIP-qPCR 富集效率时,一般是以相对Input信号富集比例来呈现的,例如若做了单个2%Input,计算公式如下: 注:CT 值一般是指2-3次重复实验的平均CT值 而CST 一直推荐通过稀释不同比例的Input 来先建立qPCR 的标准曲线,标准曲线一般用来确定qPCR的反应效率。低扩增效率(小于90%)可能由于Taq酶抑制剂的污染、过高或未...
假设IP组加100，那input就取10即可。CHIP-QPCR详细操作流程
chip-qpcr计算公式 chip-qpcr计算公式是基于芯片PCR技术的一种计算方法,用于准确测量目标基因在样本中的表达水平。该公式结合了芯片PCR和定量PCR的原理,能够在高通量的芯片实验中快速、准确地分析大量样本的基因表达水平。 芯片PCR是一种高通量的基因表达分析技术,可以同时分析上千个基因的表达水平。芯片上的每个点位都...
● Total input DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(Input) ● ChIP DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(ChIP) ● 待测基因免疫共沉淀的效率(ChIP / Total input)可通过以下公式计算: %(ChIP / Total input) = 2^[ Ct (Input)- Ct (ChIP) ] * 100数...
准备好之后分别用5% Input,H3K4me3 ChIP,IgG ChIP的DNA作为模 板,qPCR分别扩增A,B,C三个区域.H3K4me3在任何一个区域的富集都都可以用这个公式 计算:5%×2[CTvalue (Input-H3K4me3)],同样IgG的富集度的计算公式是:5%×2[CT value .(Input-IgG)] 如下表所示: CT value A (Target region) B (Negative ...
准备好之后分别用5% Input,H3K4me3 ChIP,IgG ChIP的DNA作为模板,qPCR分别扩增A,B,C三个区域。H3K4me3在任何一个区域的富集都都可以用这个公式计算:5%×2[CTvalue (Input-H3K4me3)],同样IgG的富集度的计算公式是:5%×2[CT value (Input-IgG)]。 如下表所示:...
Chip-Seq项目结题报告