引物设计完成之后,还需要对引物的特异性进行验证,例如oligo7、Primer-Blast、PCR产物琼脂糖凝胶电泳等,防止非特异性扩增对数据分析的干扰(做完qPCR后也可通过溶解曲线是否单一来判断)。 qPCR数据分析 在完成IP实验以及引物设计合成后,就可以进行qPCR实验啦。对每个样本(单个样本通常需要做3个技术重复)的Input、IP、IgG-...
ChIP-qPCR数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准...
别着急,听本迪细细道来:ChIP 结果进行qPCR时,可选用TAKARA公司的SYBR Green PCR 试剂,同一批次的PCR须包括input组、阳性对照组、阴性对照组及实验组,每次PCR至少要做两个复孔。 PCR反应体系 1、5ul 2x SYBR® Green qPCR master ...
为了确保结果的准确性和可比性，ChIP实验通常需要重复进行，并将结果与背景信号和标准误差一起显示。这样可以评估实验的可靠性，并通过重复实验的数据来减少随机误差的影响。为了进一步说明ChIP-qPCR定量分析方法的实际应用，本文提供了一个ChIP案例分析。该案例基于一项关于H3K27me3去甲基化酶JMJD3在体细胞重...
ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA片段;qPCR技术使用SYBR荧光染料,非特异性的掺入DNA双链,发射荧光,保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步,最后利用Ct值进行定量分析。ChIP-qPCR能够专一,灵敏,快速,高重复地定量生物样品中特定转录因子/...
hynh.我看了有些文章,在ChIP后还要做定量PCR(Q-PCR)检测DNA, 做这一步的目的是什么,他们之间是什么关系啊?检测是针对特定目的基因(特定染色体区域的组蛋白乙酰化)吗?/ z8 Y1 W+ J h( X v! y4 d6 H8 j R对,你的想法很对,但是不很全面。用qPCR是检测特定区域的乙酰化水平的高低。做了chip后,chip...
这一次很有希望,就是需要注意:可能因为细胞数量状态不同,之前预实验的超声条件还是不能用,这回都超声3次了,麻了麻了,就交联10分钟,不至于这么顽强吧……总之还需要再多做几次 11.03 做了qPCR,竟然有了点结果,用标准曲线法和双△ct法算了,其中一个实验组相对于对照组有趋势,相对于IgG也富集了10倍左右。不过...
5. 下游数据分析:ChIP实验最后一步是数据的分析,通常是qPCR或者高通量测序。 ChIP实验样本的准备 ChIP实验可以使用多样的样本类型,如组织,细胞系,FFPE等。但传统ChIP实验的开展 往往需要上百万的细胞或者大量的组织才能够满足需求,使得样本量成为了获得优良ChIP结 果的一大阻碍。
qPCR 定量检测 qPCR试剂以翌圣的Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green Master Mix(Cat#11184)为例。 反应体系(推荐冰上配制) 【注】 使用前务必充分混匀,避免剧烈震荡产生过多气泡。 a)引物浓度:通常引物终浓度为0.2 μM,也可以根据情况在0.1-1.0 μM之间进行调整。
、HEPES、NaCl、KOH、HCl、Triton X-100、NP-40、SDS、NaHCO3、去氧胆酸钠、EDTA、Tris、蛋白酶抑制剂、蛋白酶 K、Protein A/Gbeads(鲑精DNA)、对照引物(GAPDH)、阳性对照抗体[乙酰化组蛋白H3抗体(Anti-Acetyl HistoneH3)]、阴性对照抗体[正常家兔IgG(Normal IgG)]、琼脂糖、PCR反应 Mix、SYBR Green qPCR ...