两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复,尽可能将结果与背景信号和标准误差一起显示。 Percent Input法 使用这种方法,从ChIP获得的信号除以从input样本中获得的信号。input样本代表...
通过稀释不同比例的Input样本建立qPCR标准曲线,确定PCR反应效率。 ●富集效率的计算:ChIP-qPCR的富集效率通常以相对Input信号的富集比例来呈现。计算公式如:% of Input = (2^(-ΔΔCt)) × 100%,其中ΔΔCt为实验样本与Input样本的CT值之差。 ●结果分析:比较阳性对照、阴性对照及目的蛋白组的...
1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引，我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的...
其他引物依次这样做就行。 二、ChIP-qPCR实验及结果计算: 最后,我们就是用抗体做ChIP了。一些样本分为input组(看你自己选取百分之几的样作为input,这个要记住,后面要计算的。我们一般推荐1%-5%),剩下的样平均分为抗体组和lgG组。 那最后这三组DNA需...
qPCR的结果最终以柱状图的形式展示出来,如下图例: 该图中,分别用IgG与CTCF抗体孵育,其中IgG抗体为阴性对照组,比较两者富集H19/gap in8/myo-ex DNA的能力,其中H19为阳性对照DNA, myo-ex为阴性对照DNA。 ChIP技术的应用 染色质免疫...
示例结果图片如下: 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): 3、DNA微阵列芯片 (ChIP-on-chip) 此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。 4、二代测序 (ChIP-Sequence) ...
CHIP实验方法及检测报告模板 一、实验目的:通过染色质免疫沉淀的方式:用HIF1A抗体共沉淀样本中HIF1A蛋白及与其互作DNA;然后回收纯化 DNA, qPCR进行分析,验证该转录因子是否与启动子结合及结合位置。 二、实验材料 l主要试剂 l主要仪器及器材 三、实验步骤
在设计好引物后，进行qPCR实验。实验中需对Input、IP和IgG分别进行，使用2-△△CT法进行数据分析，计算富集倍率或使用Percent Input法比较不同样本的富集差异。富集倍率大于2一般被视为富集，但实际应用中，可能需要结合其他验证技术来确认。为了保证结果的可靠性，通常建议做3个生物学重复。总的来说，ChI...
1. 总RNA或蛋白:106cell/指标、浆/核RNA或蛋白:107cell/指标、线粒体RNA或蛋白:2*107cell/指标,样本尽量新鲜,细胞收取后直接加Trizol(QPCR检测)或直接冻存于-80℃ 2. 若细胞处理(加药、转染、感染)后状态差应酌情加大收样量 -80℃干冰 全血/血清样品用抗凝管保存的外周血 5~10ml,骨髓 1~3ml; -80℃保...
图1 普通PCR 结果示意图 但是CST推荐使用实时PCR(qPCR)来分析CIP 结果,因为它是定量的。因此,此文主要讲的是ChIP-qPCR 的设置、计算与评价。 关于PCR 循环数 对于普通的PCR的单拷贝基因,我们建议使用大约30个PCR扩增循环; 对于多拷贝基因,如α卫星重复序列,我们建议使用大约20个PCR扩增循环,以确保PCR反应在线性扩...