ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化,包括染色质数量、免疫沉淀的效率(富集效率)和 DNA 回收率。 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichmen)。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准...
(2)免疫沉淀过程 严格按照protocol,主要是抗体选择,说明可以做CHIP的抗体,如果是测序分析DNA,还要选择测序级别的抗体;浓度1:100-200一般为最佳; (3)DNA分析 qPCR是很好的方法检测可能的结合位点; 引物设计主要在启动子区域,一般针对基因前100-500bp,设计涵盖启动子区域的多个引物,常用的软件有MEME、ECRBrowser。 CHI...
ChIP-PCR 可用来分析基因组中一部分已知靶标位点上的组蛋白修饰和/或蛋白结合情况。在ChIP-PCR中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂和技术可检测和定量免疫富集的 DNA 片段。使用 ChIP-qPCR 可以对多种样品中的特定基因组区域进行快速和定量比较。这比全基因组测序方法更便宜,更省时。 5.2 ChIP-芯片(ChIP-chip)...
平时做实验总是遇到踩不完的坑?这份实验protocol包含表达检测、表型验证、正反回复、实验模型,将从实验原理、实验目的到实验材料、实验步骤等方面,带你逐个击破实验难点,避免踩坑! 表型确认 文末扫码免费领取▶▶▶表型确认 左...
DNA纯化和分析:释放的DNA被纯化,并通过PCR、qPCR、微阵列或测序(如ChIP-seq)等方法进行分析,以确定特定蛋白质在基因组中的结合位点或组蛋白修饰的分布。 数据分析:对于ChIP-seq等高通量测序数据,需要通过生物信息学工具进行分析,以识别富集的DNA区域,并通过比较不同样本或条件下的数据来揭示蛋白质-DNA相互作用的差异...
4.做qPCR的GAPDH引物效率是多少? GAPDH引物做qPCR的效率是95%。 5.我在超声处理方面遇到了麻烦。超声处理的推荐时间是多长? 超声处理必须针对每个细胞系和仪器进行优化,我们推荐Diagenode Biodisruptor(水基超声处理)进行可重复的超声处理。一个好的起点是在高“H”设置下5、10和15分钟,30秒“开”和30秒“关”循...
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