ChIP实验，全称为染色质免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation），是一种在体内研究特定蛋白与特异性DNA序列结合的生物学技术。这一技术的三个关键步骤包括“染色质”、“免疫”和“共沉淀”。染色质是由组蛋白和DNA组成，免疫部分涉及使用抗体特异性识别并结合染色质中的组蛋白，形成复合物，而共沉淀则是...
ChIP,全称的意思是染色质免疫共沉淀——简单来说,就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质,我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。 DNA不是漂浮在细胞核里的毛线团,而是和组蛋白结合的,被卷起来,被安排的好好的。 组蛋白一般由8个亚基组成,4种,每种2个。其中H3亚基上如果有乙酰化修饰,这个组蛋白上...
ChIP,全称的意思是染色质免疫共沉淀——换种说法,就是我们用抗体去“钓”特定的能结合DNA的蛋白质,我们最后检测的是和这蛋白质结合的DNA。 一、为什么要用甲醛交联? 甲醛交联是 ChIP 实验非常关键的一个步骤。因为甲醛交联能更好的保存蛋白与 DNA 的相互作用,除了用于检测组蛋白修饰分布的 Native ChIP 以外,其他...
CHIP全称染色质免疫沉淀法,是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的实验技术。它可以用来检测特定的蛋白质-DNA相互作用,如组蛋白、转录因子等与基因组特定区域的结合情况。ChIP技术可以帮助研究者了解细胞或组织中的基因表达和调控机制。 图1 组蛋白八聚体 * 名词解释 组蛋白:真核生物细胞核中的一种碱性蛋白质,它们的...
在数据分析方面,ChIP-seq生成的数据需要进行复杂的生物信息学分析,包括序列比对、峰值调用、注释和富集分析等步骤。而ChIP-qPCR的数据分析相对简单,主要通过比较不同样品间的荧光信号强度来判断蛋白质的结合情况。染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种技术。
优点是:所需样品少(仅需 100,000 个细胞);节省测序成本(仅需 300-500 万个高质量读长);靶标通用(针对组蛋白、组蛋白修饰、转录因子和辅因子生成测序和/或 qPCR 数据);抗体范围广(兼容兔抗和小鼠抗体) 4 DamID 参考:https://cloud.tencent.com/developer/article/1455980 ...
7、超声吧基因打成小片段,还怎么做qPCR呢 超声波片段化目的是为了有效的IP,qPCR的扩增子一般设计成100-200bp,都很小,是在片段化范围内的,是可以扩增出来的。 8、 PIR-seq样品怎么选择有代表性的 你肯定是要选那些表型明确,便于分析的样品或组织啦。这个问题要结合具体课题、模型来探讨。
DNA纯化和分析:释放的DNA被纯化,并通过PCR、qPCR、微阵列或测序(如ChIP-seq)等方法进行分析,以确定特定蛋白质在基因组中的结合位点或组蛋白修饰的分布。 数据分析:对于ChIP-seq等高通量测序数据,需要通过生物信息学工具进行分析,以识别富集的DNA区域,并通过比较不同样本或条件下的数据来揭示蛋白质-DNA相互作用的差异...
DNA纯化和分析:释放的DNA被纯化,并通过PCR、qPCR、微阵列或测序(如ChIP-seq)等方法进行分析,以确定特定蛋白质在基因组中的结合位点或组蛋白修饰的分布。 数据分析:对于ChIP-seq等高通量测序数据,需要通过生物信息学工具进行分析,以识别富集的DNA区域,并通过比较不同样本或条件下的数据来揭示蛋白质-DNA相互作用的差异...