2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预测的motif对应的peak两端序列进行引物设计(1),或者利用可视化的软件(如IGV)对peak最明确
chip-qpcr计算公式 chip-qpcr计算公式是基于芯片PCR技术的一种计算方法,用于准确测量目标基因在样本中的表达水平。该公式结合了芯片PCR和定量PCR的原理,能够在高通量的芯片实验中快速、准确地分析大量样本的基因表达水平。 芯片PCR是一种高通量的基因表达分析技术,可以同时分析上千个基因的表达水平。芯片上的每个点位都...
双△CT法也称为2-△△CT法,将PCR的数据转换成CT值(即qPCR反应荧光信号首次到达设定的荧光阈值时所经历的循环数),计算时利用Input做对照(片段化之后直接解交联纯化的DNA,作为材料本身背景)均一化IP产物(△CT),针对阴性抗体富集产物IgG,同样利用Input均一化产物(△CT)。最后计算IP与IgG均一化之后扩增循环数差异(...
如果使用实时定量PCR(qPCR),则推荐40个循环的扩增,因为qPCR仪器能够实时记录每一循环的产物信号,通过还原完整扩增曲线来计算最初模板DNA的丰度。 ChIP-qPCR 的设置 ChIP-qPCR 的计算 计算CHIP-qPCR 富集效率时,一般是以相对Input信号富集比例来呈现的,例如若做了单个2%Input,计算公式如下: 注:CT 值一般是指2-3次...
ChIP-qPCR:精准解析蛋白质与DNA互作的核心工具 ChIP-qPCR(染色质免疫共沉淀结合定量PCR)是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的高效技术,尤其在验证特定蛋白靶点与基因调控区域的结合中具有不可替代的作用。本文将深入解析其原理、操作流程、关键设计要点及结果分析方法,为研究者提供实用指南。 ChIP-...
E. 实时荧光定量PCR检测 实验数据处理 ● Total input DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(Input) ● ChIP DNA样品作为模板,用待测基因特异性引物进行qPCR,检测得到Ct值(ChIP) ● 待测基因免疫共沉淀的效率(ChIP / Total input)可通过以下公式计算: %(ChIP / Total input) = 2^[ ...
需要以解交联和纯化后 2% 的 Input DNA(不稀释)、目的蛋白抗体 IP 后的 DNA、IgG 抗体 IP 后的 DNA 分别作为模板(各取未稀释的 DNA 2ul),分别加入所要检测的目的基因对应的 ChIP 引物,进行定量 PCR 反应,并获得各自的 Ct 值。按照下面公式计算 ChIP 富集效率: ...
16 一般只有通过ChIP-qPCR或ChIP-PCR验证才能确定ChIP成功与否.通过ChIP-qPCR判断 ChIP成功与否是通过比较目的蛋白在阳性区域和阴性区域的富集度差异来判断的. 阳性区域比阴性区域富集度高4-8倍以下(也就是2-3个cycles),我们可以认为ChIP没有 成功;如果在4-8倍以上,说明目的蛋白在阳性区域有富集,可以初步认为ChIP...
可使用实时 PCR 仪器附带的软件对 PCR 结果进行分析。或者,可使用以下所示的公式手动计算 IP 效率,该公式显示信号为占总染色质 input 量的百分比。 二代测序分析 (NGS) 二代测序分析 (NGS) 可用来在 ChIP 之后使用操作流程中所述的 ChIP 测序对免疫沉淀的 DNA 进行分析。ChIP 测序分析为用户提供蛋白质/DNA 相...