qPCR引物设计流程与普通PCR一致,但相较于普通PCR的引物设计原则,qPCR更为严格,具体如下:1. 引物的退火温度要高,一般要在60℃以上;2. 引物的产物大小不要太大,一般在80-250bp之间都可; 3. 对于定量PCR来说,特别是在使用SYBR Green的情况下,引物二聚体的存在对结果的干扰较大,所以在选择引物时要尽量避免容易...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
ChIP-PCR/qPCR技术概述 ChIP是一种在活体内研究DNA和蛋白质相互作用的方法,广泛用于多领域中染色质相关蛋白的研 究。相比其他DNA 与蛋白相互作用的研究方法,ChIP 的突出优势在于通过检测蛋白与DNA的结合, 研究体内真实情况下的染色质结构,从而得出确凿的诱导或阻碍转录的证据,这对构架信号调控网络 ...
在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂和下一代测序 (NGS) 技术便能检测和定量免疫富集的 DNA 片段。ChIP 可以用来回答大量涉及蛋白和染色质相互作用的科学问题。例如,ChIP 可用来比较某些蛋白在各位点上的存在情况,绘制某个目的基因组区域内的各种蛋白图,或定量能够在受到刺激一段时间后...
CHIP-qPCR:用于比较沉淀的模板与阴性和阳性对照信号强度的相对精确的定量 PCR 方法。成本较低。此外,还有一些由 ChIP 衍生出来的方法,如 RIP(即用 ChIP 的方法研究细胞内 蛋白与 RNA 相互结合,具体方法和 ChIP 差不多,只是实验过程中要注意防止 RNase,最后 分析时需先将 RNA 逆转录为 cDNA) ...
这些方法之间的区别在于它们所产生的数据量以及方法是否是靶向的,qPCR和ChIP-on-chip是,而ChIP-Seq不是,不过就ChIP方法本身而言,或多或少都是相同的。 对于新手而言,采用试剂盒是个明智的选择。虽说比较贵,但贵有贵的道理,配齐了大部分试剂,有一个流畅的protocol,附带阳性和阴性对照,不需要反复优化,省时省心。当...
本次讲解选取的文章是为了探索PRC1,PCR2这样的蛋白复合物,不是转录因子或者组蛋白的CHIP-seq,请注意区别! 这是一个系列帖子,你可以先看: 一个表达芯片数据处理实例 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定! WES(七)看de novo变异情况 【直播】我的基因组22:用IGV查看具体某个位点是否变异 ...
ChIP-qPCR简介 技术特点 技术服务流程Aksomics(原康成生物)提供ChIP-qPCR服务,能够检测特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子区域的结合;在已知启动子范围内寻找特定转录因子/组蛋白修饰的结合位点。 ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA...