因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
CHIP-qPCR:用于比较沉淀的模板与阴性和阳性对照信号强度的相对精确的定量PCR方法。成本较低。此外,还有一些由ChIP衍生出来的方法,如RIP(即用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA相互结合,具体方法和ChIP差不多,只是实验过程中要注意防止RNase,最后分析时需先将RNA逆转录为cDNA)。(回复“qPCR”,可查阅qPCR相关文章) Tip :...
在 ChIP-PCR 或 ChIP-seq 中,使用广泛提供的 PCR 或 qPCR 试剂和下一代测序 (NGS) 技术便能检测和定量免疫富集的 DNA 片段。ChIP 可以用来回答大量涉及蛋白和染色质相互作用的科学问题。例如,ChIP 可用来比较某些蛋白在各位点上的存在情况,绘制某个目的基因组区域内的各种蛋白图,或定量能够在受到刺激一段时间后...
ChIP-PCR/qPCR技术概述 ChIP是一种在活体内研究DNA和蛋白质相互作用的方法,广泛用于多领域中染色质相关蛋白的研 究。相比其他DNA 与蛋白相互作用的研究方法,ChIP 的突出优势在于通过检测蛋白与DNA的结合, 研究体内真实情况下的染色质结构,从而得出确凿的诱导或阻碍转录的证据,这对构架信号调控网络 ...
4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。二、引物设计 2...
coIP和pull-down比较简单,直接用抗体B检测沉淀物即可,而RIP和CHIP则要用检测RNA和DNA的方法,测序或者PCR,今天介绍CHIP。 CHIP 什么蛋白与DNA相互作用? (1)组蛋白,结合牢固,很好检测; (2)转录因子,结合较松散,检测有难度; (3)辅助转录因子,很难检测,检测位点经常被掩盖。
这些方法之间的区别在于它们所产生的数据量以及方法是否是靶向的,qPCR和ChIP-on-chip是,而ChIP-Seq不是,不过就ChIP方法本身而言,或多或少都是相同的。 对于新手而言,采用试剂盒是个明智的选择。虽说比较贵,但贵有贵的道理,配齐了大部分试剂,有一个流畅的protocol,附带阳性和阴性对照,不需要反复优化,省时省心。当...
ChIP-Seq和ChIP-qPCR有何异同? A: 染色质免疫共沉淀(ChIP)所获得的DNA产物,在ChIP-Seq中通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白(转录因子、修饰组蛋白)的DNA结合位点片段信息;ChIP-qPCR需要预设待测的目的序列,针对目的序列设计引物,以验证该序列是否同实验蛋白结合互作。
如果抗体已经经过 ChIP 验证,您可以根据生产商的产品指南和任何已发表的参考资料来指导您的实验。但在某些情况下,您的靶标可能尚未经过 ChIP 实验验证。 不过,如果抗体经过免疫沉淀 (IP) 验证,则极有可能适用于 ChIP。其他要求抗体识别天然状态抗原的方法也可以作为参考,例如免疫荧光 (IF),免疫细胞化学 (ICC) 和...