ChIP-seq得到的信号峰peak在染色质上的分布谱 ChIP-seq analysis showing genome-wide distribution of SMC3 in trophozoites. (a) SMC3 distribution across all 14 chromosomes. The blue box indicates the location of the centromere on each chromosome. The regions depicted in (b) are indicated with black...
ChIP实验仅仅是从样本中免疫沉淀富集特定目的DNA片段的过程,必须衔接下游实验才能得出有价值的结果。最常见的下游实验有四种: 1、标准PCR (ChIP-PCR) 用于定性检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下: 2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录...
ChIP-seq得到的信号峰peak在染色质上的分布谱 ChIP-seq analysisshowing genome-wide distribution of SMC3 in trophozoites. (a) SMC3 distributionacross all 14 chromosomes. The blue box indicates the location of thecentromere on each chromosome. The regions depicted in (b) are indicated withblack boxes...
应用:ChIP可以用来检测体内反式作用因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且,ChIP与其他方法的结合扩大了其应用范围:ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选;ChIP与体内足迹法相结合,用于寻找反式因子的体内结合位点;RNA-ChIP用于研...
一、ChIP实验原理 在活细胞状态下获得自然状态下蛋白质、DNA结合复合物,通过试剂交联固定蛋白DNA复合物,破碎细胞后获得细胞核DNA片段,利用超声波方法将核DNA随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法磁珠吸附沉淀染色质片段,特异性的富集蛋白结合的DNA片段,通过系列方法洗脱得到DNA片段并纯化与检测,从而...
一、ChIP实验的作用 染色质免疫沉淀(ChIP)是研究体内蛋白质-DNA相互作用的一种有价值的方法,鉴定各种DNA相互作用蛋白(如转录因子和调节因子、修饰组蛋白和表观遗传修饰因子)的结合位点和模式是必不可少的。来自组织或培养细胞的交联(XChIP)或天然(NChIP)染色质是碎片化的,目的蛋白质使用特异性抗体进行免疫沉淀,然后...
ChIP实验简介 ChIP实验简介 一、ChIP实验的作用 染色质免疫沉淀(ChIP)是研究体内蛋白质-DNA相互作用的一种有价值的方法,鉴定各种DNA相互作用蛋白(如转录因子和调节因子、修饰组蛋白和表观遗传修饰因子)的结合位点和模式是必不可少的。来自组织或培养细胞的交联(XChIP)或天然(NChIP)染色质是碎片化的,目的蛋白质使用...
ChIP涉及到一系列蛋白质组学和分子生物学的方法,包括交联、细胞裂解、核酸剪切、基于抗体的免疫沉淀、DNA样品的纯化以及qPCR等分析。实验从原理上说虽很简单,但要想成功,却并不容易。下面就让我们一起来扫清ChIP实验的技术障碍吧。 基因表达的控制从根本上来说是蛋白-DNA的相互作用。这些相互作用可通过生化分析轻松地...
Chip-seq 的实验流程 Chip(染色质免疫沉淀)实验的基本步骤大致如下: 通过使用甲醛交联蛋白质和 DNA,确保它们结合,从而能够识别互作位点 采用超声波技术对 DNA 链进行片段化处理 进行染色质免疫沉淀,这是 Chip 实验的核心环节。通过使用特异性抗体捕获目标蛋白,形成 DNA-蛋白质复合物,并进行孵育和离心,以收集免疫沉淀...
ChIP-seq技术实验步骤: 染色质免疫共沉淀技术包括3个独立的步骤,即固定、沉淀和检测。 第1步固定 甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质,蛋白质-DNA,蛋白质-RNA交联,形成生物复合体,防止细胞内组分的重新分布。首先在体内用甲醛固定DNA和蛋白质复合物,需要注意甲醇的交联时间,如果过长,细胞染色质难以用超声波破碎,影响ChIP...