Command:name frozen "ligands" sel 下面在菜单栏点击“Select > Zone/Contacts”,在弹出的窗口中,Select的下拉菜单选择“residues”,勾选“< 5.000 Å from the currently selected atoms”选项,然后“OK”确认;或者输入命令: Command:select sel :< 5 在菜单栏点击“Actions -> Atoms/Bonds -> Show”显示活...
操作步骤 首先将结构加载于ChimeraX中,在GUI底部有Command命令行中输入以下命令: 导入结构后,应习惯于先对结构进行观察,通过旋转、缩放等操作寻找合适的观察视角,此时配体分子显示为棒状;可以将鼠标悬停于残基上来显示其名称。 为了方便观察,下面我们将蛋白和配体进行着色,非碳原子以CPK着色。在菜单栏点击“Actions -> ...
首先将之前的结构关闭,可使用以下命令: Command: close 下面导入一个新的蛋白结构: Command: open 4xt3 下面直接将刚刚保存好的.cxc文件拖拽至ChimeraX窗口中,该脚本中对氨基酸分配了Kyte-Doolittle疏水性值,并将蛋白质表面从蓝色(最亲水性)到白色到橙红色(最疏水性)进行着色。 下面我们将两种生成疏水表面的方法进...
Command: delete Usage:delete [ atoms | bonds | pseudobonds | pbonds ] spec [ attachedHyds ...
Command: select clear ChimeraX使用原子坐标、原子亲脂性参数和距离依赖函数计算“分子亲脂性势”(Molecular Lipophilicity Potential,MLP),并可根据计算值给表面进行着色。只需输入以下命令: Command: mlp 也可点击“Molecule Display”工具栏中的 图标快速生成疏水表面,默认的颜色是从最亲水的深青色到白色再到最疏水...
Command: select clear 下面就可以直接绘制表面电势图了,只需输入以下命令: Command: coulombic protein 可以看到自动生成了蛋白表面并且根据静电势进行了着色,其中红色表示负电位,白色表示零,蓝色表示正电位。此时可以观察到蛋白上结合DNA的正电口袋以及结合配体分子的负电口袋。在“Molecule Display”选项卡的工具栏可以看...
Command：open 1expCommand：open 1cel 也可通过菜单栏的File>open...来导入本地文件，或Fetch by ID...来下载蛋白结构；使用focus命令使蛋白居中显示；Command：focus 1cel蛋白包含两个亚基，A链与B链，我们将B链删除，只保留A链；Command：delete :.bCommand：focus 使用ribbons（显示为丝带状）预设，然后暂时...
This bundle provides ChimeraX command for recognizing ligands in cryoEM and X-ray crystallography maps using deep learning. deep-learningcryo-emdensity-mapx-ray-crystallographychimerax UpdatedNov 20, 2024 Python Relevant neurological proteins pulled directly from my personal ChimeraX library repo, found...
On the ChimeraX command line, enter toolshed install /path/to/SEQCROW-1.8.11-py3-none-any.whl Restart ChimeraX If you have a personal AaronTools library already, you can specify the path to it in the SEQCROW settings. Open ChimeraX and go Favorites → Settings... → SEQCROW. You wi...
We recommend using a prebuilt ChimeraX from the downloads page instead. If you develop your own ChimeraX plugins they can be used with a prebuilt ChimeraX using the toolshed install command.About Source code for molecular graphics program UCSF ChimeraX www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ ...