2009年,新加坡基因组研究院(Genome Institute of Singapore,GIS)的研究人员在《nature》上发表文章,报道了一种分析基因组三维折叠的新技术——ChIA-PET (Chromatin Interaction Analysis using Paired End Tag sequencing) 一,ChIA-PET简介 ChIA-PET是一种整合了免疫共沉淀(ChIP), 染色质铰链(chromatin proximity ligati...
进过一系列的实验处理和测序,我们得到来自空间上相互靠近的DNA片段reads,类似于Chip-Seq,研究人员基于ChIA-PET技术开发出了专门的生物信息学工具。2017年1月,清华大学在《核酸研究》上发表了一款名为CHIA-PET2的分析软件(github地址为:https://github.com/GuipengLi/ChIA-PET2),旨在全方面处理多种类型的ChIA-PET...
chiapet原理 ChIA-PET(Chromatin Interaction Analysis with Paired-EndTag sequencing)是一种双结束测序(paired-end tag sequencing)方法,它可以精确地测定DNA片段之间的物理互作关系和距离。用ChIA-PET分析可以确定基因组特定区域间基因组间相互作用(inter-chromosomal interactions)或跨基因组互作(intra-chromosomal...
ChIA-PET(chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing)在染色质构象捕获技术的建库基础上,结合了ChIP-seq 和PET 的测序方法,特异性地寻找整个基因组范围内相互作用的DNA片段。 交联-片段化-抗体结合 通过与ChIP-seq 相同的办法,ChIA-PET可以使用特异性的蛋白抗体,去选择性测序和目标蛋白交联在一起...
(1) ChIA-PET技术在全基因组范围内确定蛋白质因子结合位点的同时,能够确定结合位点间的相互作用。 (2) ChIA-PET技术利用超声打断DNA-蛋白质复合体,避免了利用限制性内切酶水解DNA-蛋白质复合体引入的染色质随机连接, 因而有效减少了相互作用的噪音。 (3) ChIA-PET 技术借鉴了ChIP 技术的优点棗利用特异性的抗体捕...
chn.chosun.com|基于17个网页 2. 草坪人偶 ...是被植物覆盖的前卫派(avant-garde)的『草坪人偶(Chia Pet)』。」该卖场是建筑师Jo Min-Seock於2007年在建筑物外墙 … kathec.pixnet.net|基于3个网页 3. 草坪上的模型 “这里就像是一个被植物所覆盖的前卫艺术雕塑一样,好比‘草坪上的模型(Chia Pet)’”...
ChIA-PET是一种可以全基因组范围内检测蛋白质介导的染色质间互作的技术。它首先进行染色质免疫沉淀,然后进行邻近连接,这是它与HiChIP和PLAC-seq的一个主要区别。然而,ChIA-PET需要较高的测序深度和输入材料,这可能会增加实验成本和难度。 HiChIP (High-throughput Chromosome Conformation Capture): ...
(Hi-C不需要短标签的原因是:序列连接成环的时候,不同位置的蛋白交联的序列距离较远,而ChIA-PET的序列都被ChIP-seq的抗体抓下来了,原来的空间位置关系不复存在)。 而且Hi-C 能够得到连续的长序列,ChIP-PET的peaks 也需要专门找方法去连接成loop。 清华大学的张奇伟老师实验室开发了专门处理ChIA-PET数据的工具:...
7.11 ChIA-PET是【MIT麻省理工精品课程】分子生物学系列第二部分:DNA转录和转座【全中英字幕】的第61集视频,该合集共计98集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。