CHARMM-GUI是CHARMM模拟软件的Web版,可以方便地进行生物分子的建模、模拟、分析,同时提供了多种生物分子结构模拟计算的方案。此外,其构建的模型可输出用于CHARMM、NAMD、GROMACS、AMBER、GENESIS、Tinker、LAMMPS、Desmond和OpenMM软件。 (官网图片) 官网地址:charmm-gui.org/ 参考文献: S. Jo, T. Kim, V.G. Iyer...
我想用charmm-gui给我的蛋白配体复合物加膜，生成gmx的输入文件。在第二步我用antechamber生成charmm的top...
小分子的力场参数可以用CGenFF或FFParam来生成。如果是比较简单的小分子，可以直接用CHARMM-GUI的ligand ...
您好，在charmm-gui的最后一步选择gromacs时，输出的文件似乎不是gromacs中常见的top或者itp或者mdp文件 ....
我理解的质子化就是有PH的存在引起的。我用charmm-gui利用PDB Reader & Manipulator模块处理蛋白时，里面...
蛋白质立场中可以定义组氨酸的三种质子化状态。charmm-gui运行第一步step1，就是将蛋白与底物结合，并...
我现在想生成一个配体分子的拓扑文件，这个配体中包含Se原子（在一个五元环上），我在使用charmm-gui去...
我用charmm-gui在第三步设置双层POPC膜后，发现输出的结果中，我的蛋白被切断了，看了氨基酸序列发现多...
我后来是按照sob老师的建议放弃了charmm36，改用charmm-gui支持的ff14SB，Lipid+GaFF力场组合。回复较晚...
还是说我重新建适用于gromos54Aa7的磷脂膜，之前是用charmm-gui建的膜。谢谢