通过深度测序(CAPP-seq)进行癌症个性化分析,随后根据基因表达水平对基因进行排序,在启动子片段处进行表征分布,结果表明:cfDNA 分子映射到高表达基因的转录起始位点(TSS) 两侧的大约 2-kb 区域,相比于低表达基因的 TSS 显示出更多的片段长度多样性,特别是在亚核小体片段中。
此外,随着cfDNA输入的使用不断增长,即使在低浓度下,也必须有能够检测5hmC的灵敏检测方法。尽管如此,基于液体活检技术的发展正在出现,可以提高cfDNA检测的灵敏度和特异性。方法的选择可能会受到分析解决这些障碍的程度或所选方法所需试剂的可用性的影响。 02 cfDNA羟甲基化的多组学分析 对癌症检测、预后和预测治疗结果...
为了能够克服传统亚硫酸氢盐测序(RRBS)只对完整基因组 DNA 上的 CpG 岛甲基化富集区域的局限,研究者开发了 cfMethyl-Seq 技术,仅需对富含 CpG 的区域进行甲基化分析,实现以更低的成本对 cfDNA 全基因组甲基化的测序(流程图见图 1 所示),研究者发现,基于 cfDNA 构建的 cfMethyl-Seq 文库显示特征条带的长度分...
柱式法所用的硅羟基柱膜,其孔径一般在微米级别,对于小片段DNA截留效果较差,并且需要跟离心机配合使用,在这一提取过程中,核酸和硅羟基柱膜的结合为瞬间作用,作用时间短,使得利用柱式法提取纯化cfDNA显得尤为困难。 图4:离心柱法全过程示意图 近几年来,磁珠法开始应用于DNA的提取工作中,磁珠法中所采用磁珠一般都在纳...
目的建立基于下一代测序(NGS)平台的检测结直肠癌患者血浆循环游离DNA(cfDNA)的方法,并进行性能确认和临床应用评价。方法在NGS平台上构建测定结直肠癌患者血浆cfDNA的检测系统(简称结直肠癌cfDNA panel)。对结直肠癌cfDNA panel的准确性、精...
cfdna甲基dna试剂检测方法突变 (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号202111455145.7 (22)申请日2021.12.01 (71)申请人大连晶泰生物技术有限公司 地址116635辽宁省大连市金州新区先进 装备制造业园区金七路9号 (72)发明人李宏志 刘琦 赵金银 段心语 许立...
2、一方面,本发明提供了一种检测cfdna完整性的引物组合物,包括alu115上游引物、alu115下游引物、alu247上游引物、alu247下游引物;所述alu115上游引物的核苷酸序列如seq id no.1、seq id no.2、seq id no.3或seq id no.4所示,所述alu115下游引物的核苷酸序列如seq id no.5、seq id no.6、seq id no.7或...
1.一种检测受检者外周血中的cfDNA突变信息的方法,其特征在于,包括:对外周血样品进行DNA提取,获取外周血样品中的cfDNA;基于cfDNA进行文库构建,得到cfDNA文库;基于所述cfDNA文库进行杂交捕获,得到目标序列;对所述目标序列进行基因测序,得到测序数据;基于所述测序数据进行数据分析,得到突变信息; 其中,基于cfDNA进行文库构建...
1.一种基于cfDNA高通量测序检测病原体的方法,其特征在于,所述病原体检测方法包括以下步骤: 步骤一,通过公共的生物学数据库构建待检测病原体的特征数据库,所述待检测病原体的特征数据库是所述待检测病原体的全基因组数据去冗余、屏蔽相似同源序列所得的数据库; 步骤二,从待测生物样品制备cfDNA样品,构建cfDNA高通...
结直肠癌常规检查方法 有数据明确表明,通过早期的结直肠癌筛查,可明显降低患者的死亡率延长生存周期。现有筛查方法,如结肠镜、粪便检测、影像学检查等,由于耗时、侵入性、灵敏度和特异性欠佳等因素并不理想。 最新研究的cfDNA检测方法 2024年3月14日,《新英格兰医学杂志》(NEJM)发表了评估游离DNA(cfDNA)血液检测法筛...