比较常用的对数转换方法是CLR(Centered Log-Ratio),其次是ALR(Additive Log-Ratio,也就是文章主要推荐的方法)和ILR(Isometric Log-Ratio)。 每种方法都有优缺点,对于后续统计分析的适用程度,CLR>ALR>ILR。个人建议先使用CLR和ALR对数据进行转换,然后使用PCA或其他降维分析方法查看其类群分布,搭配adonis查看其统计显著...
Centerd log-ratio (clr) transformation and robust principal component analysis of long-term NDVI data reveal vegetation activity linked to climate processes. Climate 2015; 3: 135-49.Faith, M. Centered Log-Ratio (clr) Transformation and Robust Principal Component Analysis of Long-Term NDVI Data ...
在分析肠道微生物数据中，一般会对数据进行一定的转换，以使数据尽可能的服从正态分布。常用的方法有 Centered Log-ratio (CLR) transformation和 Cumulative Sum Scale (CSS) transformation等。这里介绍一下在R中如何进行CLR转换。 CLR 转换的公式如下：明白clr的基本原理，在R中的实现相对...
可以看出来clr函数是根据每行(这里即每个样本)来计算的g(x)。 因此,在使用clr函数时一定要确保taxa在行,样本编号在列。或者可以配合apply函数使用 apply_clr2.png 另外一个问题是这里建立的OTU丰度表没有0值,但在实际的数据中,经常会存在许多的0值,显然不能直接用clr进行数据的转换。 但是我在使用clr函数进行转...
中心对数比变换(Centered Log-Ratio Transformation,简称CLR)和普通的对数比变换(Log-Ratio Transformation,简称LR)都是用于处理组成数据(Compositional Data,CoDa)的方法。在组成数据分析中,数据通常表示为比例或百分比,而这些数据的总和通常是固定的(如100%)。这样的数据具有特殊的几何和代数结构,需要特定的统计方法来正...
At the first step, the geochemical data was opened using the Centered Log-Ratio (CLR) transform method. Then those outlier samples that reduce the accuracy of the geochemical models were detected and removed using the Mahalanobis Distance (MD) method. We applied the Principal Component Analysis ...
Identification of helminth associated OTUs by centered log-ratio (clr) transformations and sparse Partial Least Squares Discriminant Analysis (sPLS-DA).Soo, Ching LeeMei, San TangYvonne, A. L. LimSeow, Huey ChoyZachary, D. KurtzLaura...
In addition, using data visualizations, I will highlight some details about the centered log-ratio (CLR) normalization of antibody-derived tag (ADT) counts that may be overlooked. In this method chapter, I provide detailed steps to generate CLR-normalized CITE-seq data using cloud computing ...
Centered log ratio transformationJames M. Curran