本文主要是参考CellphoneDB的官方教程:Documentation — cellphonedb documentation 1. 安装 官方教程建议使用单独的环境安装CellphoneDB,我比较习惯用conda,所以先用conda安装CellphoneDB吧。 conda create -n cpdb python=3.8 source activate cpdb pip install cellphonedb ...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat对象),以及seurat转h5ad的多...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单细...
首先安装cellphonedb V5。 #安装cellphonedb v5pip install cellphonedb -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 接下来就是整理cellphonedbV5分析需要的文件了,类似于之前的V3。我们的教程里演示了从seurat或者h5ad获得input文件。主要有三个必须文件,matrix、metadata以及cellphonedb v5 ...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单...
接下来就是整理cellphonedbV5分析需要的文件了,类似于之前的V3。我们的教程里演示了从seurat或者h5ad获得input文件。主要有三个必须文件,matrix、metadata以及cellphonedb v5 database。cellphonedb v5 database可以自定义,按照官网要求即可。 from IPython.display import HTML, displayfrom cellphonedb.utils import db_...
一方面的原因是等着将Cellchat V2(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))和cellphonedb V5(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))更新后再进行,另一方面是我们想着如果仅仅复现一张图,我们认为没有多大的意义,所以就将这个内容进行升华,分别针对cellchat和cellphonedb V5(V4)写了一个可视化函数,可以方便...
一方面的原因是等着将Cellchat V2(单细胞通讯CellChat V2详细版(视频教程))和cellphonedb V5(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))更新后再进行,另一方面是我们想着如果仅仅复现一张图,我们认为没有多大的意义,所以就将这个内容进行升华,分别针对cellchat和cellphonedb V5(V4)写了一个可视化函数,可以方便...
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接上一节(【视频教程】Cellphonedb v5更新:python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯)。我们通过对cpdb结果的整合得到cpdb_pbmc_summary,这里我们对结果进行可视化,主要是弦图的可视化,看了一下,之前好像对于cpdb没有做过太多的弦图。为了方便,我们借助了R包和一些文章,然后进行了修改,包装为可视化函数,方便使用。完...