本文主要是参考CellphoneDB的官方教程:Documentation — cellphonedb documentation 1. 安装 官方教程建议使用单独的环境安装CellphoneDB,我比较习惯用conda,所以先用conda安装CellphoneDB吧。 conda create -n cpdb python=3.8 source activate cpdb pip install cellphonedb ...
warnings (1), info (2), hints (3)sc.logging.print_versions()sc.settings.set_figure_params(dpi=100)# low dpi (dots per inch) yields small inline figurescpdb_file_path='./v5.0.0/cellphonedb.zip'meta_file_path='./meta_cpdb.txt'counts_file_path='./count_cpdb.txt...
cpdb_file_path = './v5.0.0/cellphonedb.zip'meta_file_path = './meta_cpdb.txt'counts_file_path = './adata_cpdb.h5ad'out_path = './test2' from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_statistical_analysis_method cpdb_results2 = cpdb_statistical_analysis_method.call(cpdb_file_path = ...
首先安装cellphonedb V5。 #安装cellphonedb v5pip install cellphonedb -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com 接下来就是整理cellphonedbV5分析需要的文件了,类似于之前的V3。我们的教程里演示了从seurat或者h5ad获得input文件。主要有三个必须文件,matrix、metadata以及cellphonedb v5 ...
之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data,小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的,怎么进行CPDB分析呢?”,其实之前的cellphonedb V5教程里面我们已经提到了(单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程))。然而我们前面的帖子也分享了h5ad转seurat的方式(玩转单细胞(16):Scanpy单...
接下来就是整理cellphonedbV5分析需要的文件了,类似于之前的V3。我们的教程里演示了从seurat或者h5ad获得input文件。主要有三个必须文件,matrix、metadata以及cellphonedb v5 database。cellphonedb v5 database可以自定义,按照官网要求即可。 from IPython.display import HTML, displayfrom cellphonedb.utils import db_...
https://github.com/ventolab/CellphoneDB官方地址 首先创建一个环境,现在已经更新到4.0.0了,要求py3.8 于是 conda create -n cpdb python=3.8 source activate cpdb pip install cellphonedb gseapy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 我试了无数个教程,就这个安装也不会报啥错 ...
同样的,cellphonedb也是能够实现的,只不过需要注意,这个函数并不适用于cellphonedb V3。与前面cellchat的函数相比,cellphonedb输入的文件是pval,同时如果需要展示celltype数量,那么还需要seurat对象。 ks_cpdb_sig_interCount(pval_data = sig_p, significant=0.05, source_celltype = "IN_ID", showInter=F, cell...
cellphonedb method statistical_analysis cellphonedb_meta.txt cellphonedb_count.txt --counts-data=gene_name # 如果是直接写出基因名的加这个参数,转化为基因ID的话不用加。 #cellphonedb 自己的绘图 cellphonedb plot dot_plot cellphonedb plot heatmap_plot cellphonedb_meta.txt ...
点击:→ 加入微信vip群:《KS科研分享与服务》付费内容打包集合 3、需进QQ群或者打包代码入微信VIP的小伙伴请添加作者微信了解,请备注目的,除此之外请勿添加,谢谢! 详情请联系作者: ❞ Cell interaction --- cellphonedb V5 S科研分享与0 本贴详细完整代码及视频教程已发布微信VIP,请自行下载!