step1.创建cellphonedb小环境 #创建cellphonedb小环境 conda create cellphonedb conda activate cellphonedb step2.安装cellphonedb #pip安装 pip install cellphonedb 这句命令看上去很简洁,但是就是会频繁报错,诸如下图。 image.png 网上搜索了很多cellphonedb安装的问题,其实都没有满意的答案。后来改为搜索pip安装。
conda create -n cpdb python=3.6 source activate PAth/cpdb pip install cellphonedb ###这一步一定会报错,可以参考下面几点解决 1.如果发现pip下载慢,建议指定国内的镜像安装,如下 pip install-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple cellphonedb 2.提前安装几个包 pip install -i https://pypi.tuna...
2、Cellphonedb可视化 Cellphonedb我们也提供过一种免费的可视化方式，使用ktplots包完成。但是总是有人嫌...
bash pip uninstall cellphonedb 这个命令会卸载cellphonedb包。 总结来说,删除conda环境和使用pip卸载包是两个独立的过程。你需要先激活相应的conda环境,然后使用pip命令来卸载特定的包。如果不再需要该conda环境,你可以使用conda env remove命令来删除它。
怎么连安装CellPhoneDB都头大啊,查了一圈说是网络问题,尝试了更改pip安装镜像和升级pip(升级都是失败的),还是不行啊![苦涩]
1、很多人死在第一步:cellphonedb的安装,这个问题不得不解决,因为写教程的都是大佬了,但是我这里必要考虑初学者,所以要从源头解决问题。 2、cellphonedb只能做人的,做鼠的则需要对基因转化,别傻傻的半天没有结果。 3、因为cellphonedb分析操作很简单,数据整理好只需一行代码解决。后期的可视化都是可以在R中进行的...
1、安装 https://github.com/ventolab/CellphoneDB官方地址 首先创建一个环境,现在已经更新到4.0.0了,要求py3.8 于是 conda create -n cpdb python=3.8 source activate cpdb pip install cellphonedb gseapy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple ...
第一步,直接安装,报错 按照老师给的命令直接进行安装: pip install cellphonedb #安装python包CellPhoneDB 然后就报错了,如下: Snipaste_2021-04-15_17-07-43.PNG 第二步,分析问题+试错 报错信息刷屏了,看不完,一堆关于hdf5的warning,最后面这一部分还说了error:““fatal error:hdf5.h:No such file or dir...
conda create -n cellphonedb python=3.9 #创建环境 conda activate cellphonedb #激活环境 pip install cellphonedb -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com#安装 安装过程没报错,但查看是否安装成功时:输入cellphonedb,结果显示:command not found, ...
安装CellPhoneDB失败 CellPhoneDB是单细胞互作分析的有利工具。 在python3.10.1环境下,运行安装程序:pip3 install cellphonedb -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 但是在scikit-learn包的编译这里,出错: note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip....