在创建 CellML 的钠通道模型前,先要在上一节教程的基础上,进一步介绍 CellML 的一些概念:封装组(encapsulation groups)和公有、私有接口(public and private interfaces),以此来控制模块化组件的信息可见性。为了理解封装,我们下面将使用“亲代(parent)”、“子代(child)”、“同辈(sibling)”这些术语。 注意语法格式...
定义CellML的HH模型 导入离子通道模型 导入的语法是def import using "xxx.cellml" for comp C1 using comp C0,表示把xxx.cellml中的组件C0导入进来,并命名为C1。 defimportusing"sodium_ion_channel_mine.cellml"forcompNa_channelusingcompsodium_channel;enddef;defimportusing"potassium_ion_channel_mine.cellml"f...
从CellML Annotation 中可以看到这写语段的作用、各要素的关系。 模拟结果 保存,校验代码后,进行模拟。模拟时间为40 ms,绘图间隔为0.1 ms。 钾电导的那张图与 HH 论文中的钾通道开闭动力学是一致的,膜电位上升时时缓慢打开,下降时又迅速失活。 在35 ms 前,尽管其他三个量发生了很大变化,但通道电流一直是零,...
在CellML 的元数据规定中,RDF 主语是 CellML 的元素(例如Ki这个变量),RDF 谓语从 Biomodels Biological Qualifiers 中选取,宾语是统一资源标识符 URI。注解的目的是将 RDF 与生物和生物物理概念联系起来。 注意,RDF 三元组使用了不同类型的主语/宾语:the concentration是生物物理的实体,potassium是化学实体,the cytosol...
这次我们以Van der Pol 振荡器为例,创建一个简单的 CellML 模型。控制方程如下: d2xdt2−μ(1−x2)dxdt+x=0. 初始条件为 x(0)=−2,dxdt|t=0=0 跟MATLAB 里面求解 ODE 有点像,CellML 也要把一阶导定义成一个新变量,表示出二阶导。于是原来的一元二阶 ODE可以转变为二元一阶 ODE 组: ...
至此我们已经学习了 CellML 和 OpenCOR 所有的特性,最重要的是,我们学习了如何最佳地构建 CellML 模型,这包括子组件的封装,以及把参数、单位和模型组件定义在独立的文件中,然后导入到一个组合的模型,也就是模块化的思想。 代码部分 定义单位 这部分写在 Noble_62_units.cellml 中。定义了ms, per_ms, mV, mM...
CellML 内部定义了国际单位制的七个基本单位: length (meter or m): meter 或metre time (second or s): second amount of substance (mole): mole temperature (K): kelvin mass (kilogram or kg): kilogram current (amp or A): ampere luminous intensity (candela): candela CellML 也有一些内置的导出...
3 OpenCOR,CellML与TensorFlow 附录 1 安装与设置 装完OpenCOR 的时候,会默认安装 Python Console,很省心。 1.1 命令行用法 Python 解释器是内嵌在 OpenCOR 中的。为了使用 OpenCOR 的功能,用户必须在 OpenCOR 中使用 Python,而不是把 OpenCOR 导入到系统的 Python。比如说,在 OpenCOR 的 Python console 画个...
点击这个图标就会打开这个 SED-ML 文件指向的 CellML 文件。 对SED-ML 的支持有助于模型根据其功能进行监管。功能监管(functional curation)的主要思想是:模型在开发时,需要将模拟结果与实验数据反复比较。当新的研究需要使用原来的计算模型时,需要确认这些模型在新情况下也能适用。实现这个目标的前提条件是能准确复现...
把Noble_1962.cellml 通过File - Save As保存到 test_workspace 目录。保存后,新的文件名会变成New_Noble_1962.cellml。 此时文件夹和文件的图标会多出一个红色的部分,意即更改尚为上传。 在右键菜单中选择同步选项,然后就会弹出一个窗口,呈现有哪些文件变了,有什么变化,需要我们填写变更日志(Message),这一步很...