这次我们以Van der Pol 振荡器为例,创建一个简单的 CellML 模型。控制方程如下: d2xdt2−μ(1−x2)dxdt+x=0. 初始条件为 x(0)=−2,dxdt|t=0=0 跟MATLAB 里面求解 ODE 有点像,CellML 也要把一阶导定义成一个新变量,表示出二阶导。于是原来的一元二阶 ODE可以转变为二元一阶 ODE 组: {dxdt=...
在创建 CellML 的钠通道模型前,先要在上一节教程的基础上,进一步介绍 CellML 的一些概念:封装组(encapsulation groups)和公有、私有接口(public and private interfaces),以此来控制模块化组件的信息可见性。为了理解封装,我们下面将使用“亲代(parent)”、“子代(child)”、“同辈(sibling)”这些术语。 注意语法格式...
导入的语法是def import using "xxx.cellml" for comp C1 using comp C0,表示把xxx.cellml中的组件C0导入进来,并命名为C1。 defimportusing"sodium_ion_channel_mine.cellml"forcompNa_channelusingcompsodium_channel;enddef;defimportusing"potassium_ion_channel_mine.cellml"forcompK_channelusingcomppotassium_chan...
自己的注解:之前的教程中,我们保存的 cellml 文件都是只保存了代码。如果重启 OpenCOR,再次打开这个 cellml 文件,模拟结果和图像都会消失,需要自己重新模拟、画图。那么我们能不能把文件保存成我们下次打开模拟结果与图像都还在的格式呢?这就是本节要讲的 SED-ML。 CellML 模型应当是没有定义上的歧义且易于分享的,...
// Noble_1962.cellml def model Noble_1962 as // 导入单位略去 def import using "Noble62_parameters.cellml" for comp parameters using comp parameters; enddef; def import using "Noble62_Na_channel.cellml" for comp Na_channel using comp sodium_channel; enddef; def import using "Noble62_K_...
CellML 内部定义了国际单位制的七个基本单位: length (meter or m):meter或metre time (second or s):second amount of substance (mole):mole temperature (K):kelvin mass (kilogram or kg):kilogram current (amp or A):ampere luminous intensity (candela):candela ...
来自专栏 · 计算生理学教程 目录 收起 在teaching PMR 上创建工作区 1在PMR用户实例上注册一个用户账号 2 创建工作区 OpenCOR 的 PMR 工作区窗口 3 设置偏好 4在OpenCOR中登录PMR 5 创建工作区的本地副本 6 往工作区中保存一个 CellML 模型 在OpenCOR 中,用户除了可以通过 PMR 窗口直接浏览公有 expo...
3 OpenCOR,CellML与TensorFlow 附录 1 安装与设置 装完OpenCOR 的时候,会默认安装 Python Console,很省心。 1.1 命令行用法 Python 解释器是内嵌在 OpenCOR 中的。为了使用 OpenCOR 的功能,用户必须在 OpenCOR 中使用 Python,而不是把 OpenCOR 导入到系统的 Python。比如说,在 OpenCOR 的 Python console 画个...
打开文件(教程4) File - Open 然后选择本地的文件就可以打开了。多个 .cellml 文件可以同时打开,来回切换。 在模型库(PMR)中,可以直接导入模型,也可以创建云端模型的本地副本。 一个简单的一阶 ODE(教程5) dydt=−ay+b. 这是最简单的一阶微分方程了。它的解为 ...