https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do在获取到肿瘤领域的数据后，下一步是将其下载并解压，然后放置在你指定的工作目录中，以便后续的分析和处理。2. 药物数据整理 首先，我们需要清除之前加载的包和对象，以确保数据处理的独立性。使用rm(list=ls())命令可以清除工作空间中的所有对象。接下来，加载必...
通过R语言调用数据库API时,需在脚本开头加载“cellminer”包,使用getExpData()函数直接获取矩阵数据。团队协作时可创建共享工作区,实时同步分析结果与注释信息。 数据解读禁区 避免直接将细胞系数据等同于临床患者数据,需考虑体外实验环境对药物代谢的影响。注意样本选择偏差,例如数据库包含的乳腺癌细胞系MCF7对激素治疗...
setwd("C:/Users/86132/Desktop/R") ##修改路径 getwd() ##查看路径 #药物数据整理 rm(list=ls()) if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #在BiocManager下载包 BiocManager::install("impute") install.packages("stringr") install.packages("rio") inst...
setwd("C:/Users/86132/Desktop/R") ##修改路径 getwd() ##查看路径 #药物数据整理 rm(list=ls()) if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") #在BiocManager下载包 BiocManager::install("impute") install.packages("stringr") install.packages("rio") inst...
CellMiner数据库,主要是通过国家癌症研究所癌症研究中心(NCI)所列出的60种癌细胞为基础而建立的。该数据库最初发表于2009年,后于2012年在Cancer Research杂志上进行了更新,题目为“CellMiner: a web-based suite of genomic and pharmacologic tools to explore transcript and drug patterns in the NCI-60 cell line...
CellMinerCDB是一个基于网络的资源平台,专门用于整合多种药理学和基因组分析数据,涵盖了最丰富的细胞系数据集。这个数据库支持基因组学和基因调控网络分析的数据查询,以及药物基因组学决定因素和药物特征的探索。CellMinerCDB利用数据库中细胞系和药物的重叠来检查可重复性并扩展通路分析。文章强调了评估突变负担的复杂性,...
因此,开发一种用来比较基因和潜在药物的工具就变得越发重要.利用这种新工具(discover.nci.nih.gov/cellminer),研究人员能够比较药物活性和基因表达的模式。CellMiner允许研究者输入大量的基因和药物数据,计算基因和药物活性部位的关联,确定显著相关的那些关联。它的数据整合能力比现有的其它方法更简单、快速、灵活。
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The purpose of the CellMiner project (http://discover.nci.nih.gov/cellminer) has been to integrate data from multiple platforms used to analyze the NCI-60 and to provide a powerful suite of tools for exploration of NCI-60 data. Generating rcellminer Compatible Data Packages A description of ...
cellminer Make more use of Ruby 1.9 features May 8, 2011 cellminer.rb Fix issue#8 Apr 10, 2013 sha256.rb Additional gratuitous changes to Ruby SHA-256 May 16, 2011 This is a Bitcoin miner for the Cell Broadband Engine Architecture (CBEA). It was developed on a PS3 using Debian GNU/...