网络图形显示单元数组;元胞数组内部结构图示;元胞数组内部图示 网络释义
cellplot(c) cellplot(c, 'legend') handles = cellplot(c) Description cellplot(c)displays a figure window that graphically represents the contents ofc. Filled rectangles represent elements of vectors and arrays, while scalars and short character vectors are displayed as text. ...
生成如下要求的单元数组,并使用cellplot函数查看:(1)数组元素为2行2列;(2)对角线元素为全为0的2*2矩阵;(3)右上角元素为包含'happy'和'Natio
也可以对TSNE的结果进行可视化,使用plot1cell代码步骤是一样的,不过因为我们直接使用prepare_circlize_data函数获取画图的数据及信息,里面调用的get_metadata默认参数是"umap",所以也是稍稍修改一下plot_circlize.R脚本即可 source("plot_circlize.R") circ_data <- prepare_circlize_data(sce, scale = 0.8) set.see...
首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据 circ_data <- prepare_circlize_data(sce2, scale = 0.8 ) set.seed(1234) # 设置细胞分群信息的颜色 ...
Cell Plot Claim
plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能,可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图,主要依赖于Seurat V4,circlize,ComplexHeatmap和simplifyEnrichment等R包。 R包安装 使用devtools包进行安装: devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")## or the development version, devtools::install_github...
有两种实现方式,第一种自然是用ggplot2作图了,各种修饰即可。第二种是直接在seurat中DotPlot函数下添加修饰完成。为了简单,我们选择了第二种方式进行实现。需要完成的内容有。第一:分面图及其修饰。第二:气泡设置。第三:legend修饰。第四:tags设置。然后就完美实现了,不需要AI修饰!
后来发现是Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies这篇文章提到的R包plot1cell,链接是:https://github.com/HaojiaWu/plot1cell。plot1cell不仅可以进行炫酷的聚类图展示,也可以对单细胞数据的其他内容进行展示,例如气泡图,小提琴图,细胞比例图等等。这里我们只...
Sleeper Cell Edit It looks like we don't have any plot for this title yet.Be the first to contribute. Learn more Contribute to this page Suggest an edit or add missing content Top Gap What is the English language plot outline for Sleeper Cell (2015)?