为了作为 cellranger 的输入,FASTQ 文件应符合 bcl2fastq 和 mkfastq 的 命名约定:[Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz 其中 Read Type 可以是以下之一:I1:样本索引 read(可选)I2:样本索引 read(可选)R1:read 1R2:read通过提供包含这些文件的文件夹的路径(通过--fastqs 参数)...
cellranger aggr:接受cellranger count的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如tumor组原来有4个样本,PBMC组有两个样本,现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵,并且进行标准化去掉测序深度的影响 cellranger reanalyze:接受cellranger count或cellranger aggr生成的gene-barcode矩阵,使用不同...
cellranger aggr 该模块是用于两个或者多个样本的数据整合,即基于cellranger count的输出结果,将同一组中不同样本的表达矩阵整合到一起,并进行标准化。例如当处理多个生物学重复样本时,首先分别对每个样本单独的进行cellranger count定量, 然后通过aggr整合。 下面的示例中,假如我们有三个replicates样本,分别进行了定量分...
1.装Cellranger软件 这一步根据官网提示,下载下来解压缩即可。 这里遇到一个小bug, 提示cellranger:command not found (base) [@login04 bin]$ cellranger bash: cellranger: command not found... 解决方法很简单:把cellranger加入到Path里即可。 找到cellranger的安装目录,输入pwd (base) [@login04 cellrange...
CellRanger是10x Genomics公司开发用于处理和分析单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的工具，将原始 scRNA-seq 数据从测序仪中提取和处理，包括数据去噪、质量控制、细胞检测和聚类分析等，还提供可视化工具，帮助研究者对单细胞数据进行可视化分析和解释。下面跟着小编一起看看这款强大的分析软件的数据解读的内容吧！
Cell Ranger 是一组分析管道,用于处理 Chromium 单细胞数据,将fastq原始数据经过比对等、生成表达定量矩阵、执行聚类和其他辅助分析等(请参阅示例工作流程和支持的库列表)。Cell Ranger包括五个pipelines : cellranger mkfastq将 Illumina 序列器生成的demultiplexes raw base call (BCL) 文件解复用为 FASTQ 文件。它...
Cell Ranger是用于10x单细胞转录组数据处理一套Linux工具集,包含数据比对,生成表达矩阵,聚类分析和图形可视化等多个功能。一般用cell ranger进行上游分析。 官网:https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest 由于测序仪器的测序能力远大于测试样本序列量,为避免仪器浪费,因此一个lane同时测定多个样品...
Cell Ranger是用于10x单细胞转录组数据处理一套Linux工具集,包含数据比对,生成表达矩阵,聚类分析和图形可视化等多个功能。一般用cell ranger进行上游分析。 官网:https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest 由于测序仪器的测序能力远大于测试样本序列量,为避免仪器浪费,因此一个lane同时测定多个样品...
64GB RAM(推荐128GB),最低配的64G允许cellranger aggr合并最多250k个细胞 1T硬盘 64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04 1.下载 1.1 下载cellranger https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 填写信息后,会给出两个软件(v3.1)下载链接,以及参考基因组(v3.0...
概述 获取single-cell RNA-Seq数据时有可能获得的是fastq文件,如下展示,fastq文件是单细胞测序的原始文件,如果需要10x文件/h5ad文件,需要通过Cell ranger程序的cellranger-count方法进行处理。 HRR1221999文件夹: -- HRR1221