Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具。这个网站由北京大学的研究团队研发,今年7月份相关论文发布在在《Nature Communications》:基于深度学习模型的scRNA-seq数据检索和注释的新方法Cell BLAST,以及具备高质量注释的scRNA-seq参考数据库ACA。这一数据库为有效利用现有数据进行细胞注释和跨...
Cell BLAST是一个自带高质量参考数据库的scRNA-seq数据检索/注释工具,能做细胞类型鉴定、发现新细胞类型、注释连续细胞状态。这个网站由北京大学的研究团队研发,今年7月份相关论文发布在在《Nature Communications》这一数据库为有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究提供了新的工具和资源。
Cell BLAST是基于深度学习模型的scRNA-seq数据检索和注释的新方法,同时具备高质量注释的scRNA-seq参考数据库ACA,可以有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究。 在线访问地址:https://cblast.gao-lab.org/ 类比BLAST,Cell BLAST使用对抗自编码器进行数据降维,利用对抗学习策略来消除数据集间的批次效应,可以在参考数...
其文章通过两个实验数据证明Cell BLAST 可进一步用于预测连续细胞的分化潜力和识别新细胞类型。该工具不仅提供了用户友好的web界面,并且提供了一个多物种单细胞转录组学数据库用于参考数据的选择。 算法简介 Cell BLAST 使用基于神经网络模型,使用参考单细胞转录组数据,以无监督的方式学习从高维转录组空间到低维空间的非...
迁移cell教程模型数据 迁移注释实际上是自动注释的一类,与我们在3-4中介绍的自动注释不同,迁移注释需要我们有一个已经注释好的单细胞测序数据文件,而不是训练好的模型或者marker。我们需要使用这个已经注释好的单细胞测序数据文件来训练一个新的模型,例如Cell-Blast或者是Tosica等。 生信技能树jimmy 2023/09/09 1.6...
图 人类线粒体DNA存在于通过序列读取档案提供的元基因组数据集中 用BLASTn 根据线粒体参考基因组(rCRS:NC_012920.1)扫描公开可用的集合1,最低位点分数为 500,序列同一性为 99%。 (A) 各国的颜色如下:灰色,无样本;黄色,至少一个样...
最后研究了铜绿假单胞菌中是否存在SpeG的同源基因,通过UniProt数据库比对和BLAST搜索找到3种候选酶,随后在SpeG敲除的大肠杆菌中分别转染这3种基因,发现其中1种:PA1472,可以回补两种目标代谢物;此外AlphaFold2的结构预测结果也显示,PA1472与SpeG晶体结构相似;因此,即使同源性较低,但依旧可以认为PA1472是铜绿假单胞菌中...
对Shell1和Shell4的BLAST分析在T. pseudonana基因组中鉴定出了四个额外的同源蛋白,这些蛋白均包含两个预测的β折叠结构域,彼此在结构上相似。研究人员探索了这些蛋白在不同进化谱系中的分布,并对NCBI数据库进行BLAST分析,鉴定出与stramenopiles(不等...
为了便于使用这些基因组资源,作者搭建了水稻数据库网站(http://www.RiceRC.com)。该网络工具集成了基因组浏览器和BLAST功能,便于使用基因组序列和查询遗传变异等内容,促进水稻功能基因组学和育种应用研究。 图7 水稻数据库网站 研究总结 总之,本研究获得了31 个从头组装高质量水稻基因组,用于遗传多样性的种质研究。
研究团队还成功地在体外培养出高效率的“类胚泡”(blastoids)——基于原始内胚层干细胞的胚胎模型,有望作为研发提升试管婴儿成功率新药的有力工具。 论文通讯作者、哥本哈根大学的Joshua Brickman教授说,“这对于改善目前的不孕症治疗方法尤为重要,因为可塑性和稳健性是胚胎能在非自然环境及移植过程中存活的关键。”虽...