955, median genes detected = 2,221)过滤后,6个生物重复共捕获327个细胞用于scRNA-seq分析(检测到的中位转录本= 8,955,检测到的中位基因= 2,221)SAM + P2 FASTQ files were processed using the default settings in the celseq2 pipeline (https://github.com/...
git clone git@github.com:yanailab/celseq2.gitcdcelseq2 pip install ./ Quick Start Runningcelseq2pipeline is as easy as 1-2-3. Below is the visualization of the experiment design as same as thesample sheetused in last generation of the pipeline (CEL-Seq-pipeline) as example. ...
CEL-seq所需试剂都是现成的,大约两天时间生成测序文库和测序数据,Yanai指出。需要注意的是,CEL-seq与大多数方案一样,测序转录本的3’端。Enard等人并没有亲自尝试着一技术,只是在比较研究中用到了CEL-seq数据。从这项研究来看,CEL-seq的重现性最好。 GitHub网站提供有CEL-seq可用的生物信息学工具。Yanai研究团队...
CEL-Seq的全称是:Cell expression by linear amplification and sequencing,采用线性扩增的测序方法,其主要优势在于错误率比较低,但是和PCR一样都存在序列偏向性。另外还具有以下优点: 使用barcode允许多种类型的细胞同时分析; 每个细胞在一个管中进行处理,避免了样本之间的污染 后来在2016年,CEL-seq2诞生,与早期版本相...
NGS原理- 单细胞转录组测序-介绍CEL-seq2, Drop-seq, SCRBseq, Smart-seq 主要的区别在于Smart-seq/C1和Smart-seq2为基于full length的测序方案,而其余的四种为基于unique molecular identifiers (UMIs)的测序方案; 其中,前者对整条转录本进行测序,后者仅对转录本的一段序列进行测序 ...
参考文献:CEL-Seq2: sensitive highly-multiplexed single-cell RNA-Seq github:GitHub - yanailab/CEL-Seq-pipeline 下载: wget https://github.com/yanailab/CEL-Seq-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz 解压后只有这些文件 CEL-Seq-pipeline-1.0/ ├── bc_demultiplex.py ├── bowtie_wrapper.py...