CEL-seq 2在条形码上游增加了一个5碱基对UMI,用于鉴定scRNA-seq的PCR重复物,显著提高了准确性。利用superscript II双链cDNA合成试剂盒,结合缩短CEL-seq引物,显著提高了RT效率,从而提高了检测灵敏度。此外,与原始的CEL -seq相比,CEL -seq 2多检测了30%的基因。
dropout分析发现,MARS-seq具有最高的中位dropout概率(74%),而Smart-seq2则最低(26%),这也与之前的敏感度分析结果一致(下图) image 而对扩增的变异系数分析发现,如果以reads来定量,则smart-seq2的变异系数最小;而如果采用UMI定量,则可以显著的减少变异系数(下图),表明UMI技术在定量的准确性上更具有优势。 image...
研究者们认为,Drop-seq和inDrop能够帮助生物学家进一步发现和分类人体细胞,绘制大脑等复杂组织的细胞多样性图谱,更好地了解干细胞分化,获得更多疾病的遗传学信息。 Enard及其同事发现,Drop-seq在单个细胞中检测的基因数还不到Smart-seq/C1、CEL-seq和SCRB-seq的一半。不过,在统计学水平上研究差异性表达的时候,高通...
复制 fileURL<-getGEOSuppFiles("GSM21231",fetch_files=FALSE)fileURL<-fileURL[1,2] 可以结合循环获得所有想要的文件的URL,之后下载Chorme浏览器中的pasty插件,这个插件的功能是,将一连串的URL同时打开(这也对应着一连串的Cel文件的下载)。而且这种方式的下载速度贼快,比之前网络畅通方法的速度还快。(笔者认为可...
CEL-Seq(Cell expression by linear amplification and sequencing)是和SMART-seq同年发表的单细胞测序技术。在2012年发表在Cell Reports上。 2016年作者对CEL-Seq进行了改进,CEL-Seq2发表在Genome Biology上面。 与SMARTseq必须是以单细胞为体系进行反应不同,CEL-seq在逆转录中的oligo(dT)VN Primer增加了条形码标签...